Успехи внутренней и внешней политики, проводимой «Избранной радой», казалось бы должны были убедить Ивана IV в правильности государственного курса. Однако в 1560 г. произошло отстранение от власти ближайших советников царя. Был арестован и умер в тюрьме А. Адашев, попал в опалу и был сослан в Соловецкий монастырь протопоп Сильвестр. В 1563 г. умер имевший большое влияние на царя митрополит Макарий. Опасаясь за свою жизнь, бежал во враждебную Литву А. Курбский.
Причины падения «Избранной рады» разнообразны. В первую очередь к ним относятся противоречия между царем и его советниками по вопросу о форме государственной власти и роли государя. «Избранная рада» видела идеальное правление в сильной власти, основанной на сословном представительстве, в активном участии в государственных делах Земского собора. Иван Грозный, напротив, стремился править один, «казнить и миловать» по своему усмотрению.
Другая причина отстранения от власти советников царя коренилась в разном понимании направленности внешней политики. Члены «Избранной рады» считали преждевременной борьбу за выход к Балтике. Они хотели направить усилия на освоение восточных и южных земель.
Не последнюю роль сыграли и психологические особенности характера царя – властолюбие и подозрительность. Он не смог простить советникам их поведения во время своей болезни в 1553 г. Вернувшись из казанского похода, Иван IV серьезно занемог. Опасаясь за судьбу престола, он составил завещание в пользу своего малолетнего сына Дмитрия и потребовал принести ему присягу. Но протопоп Сильвестр и отец А. Адашева (Ф. Л. Адашев) постарались ее избежать. Они опасались, что такое правление вновь приведет к борьбе бояр за власть и к ослаблению государства. Более приемлемой кандидатурой им представлялся двоюродный брат Ивана Грозного В. А. Старицкий.
Окончательно утвердили царя в необходимости смены политики реформ поражения в Ливонской войне.
Начало опричнины положил отъезд царя с семьей в декабре 1564 г. в Александровскую слободу, откуда он направил в столицу две грамоты. В первой из них он обвинял во всех невзгодах бояр и духовенство. Во второй грамоте Иван Грозный, обращаясь к купцам и посадским людям, представлял себя защитником простых людей от своеволия и притеснения родовитой знати. В Москве начались переполох и паника. Народ потребовал направить к царю делегацию с просьбой вернуться на царствование. Иван IV согласился, но потребовал предоставления себе права «казнить изменников» и учредить опричнину.
Сам термин «опричнина» был хорошо знаком людям XVI в. Так назывались земельные владения, выделяемые на содержание вдове великого князя. Но Иван Грозный вложил в это понятие новый смысл. Под опричниной он понимал разделение русского государства на две части. В первой из них – земщине – сохранялись старые порядки. А в удел к царю отходила другая часть, которая и получала название опричнины.
К царским владениям отошли Суздальский, Ростовский, часть Переяславль-Залеского и Костромского уездов. Кроме этих территорий в опричнине оказались земли, граничащие с Литвой (Можайск, Вязьма, Козельск) и Поморье. Царю давалось право в случае необходимости также забирать другие города и местности. Разделенной на две части оказалась и Москва. Кроме того «на обзаведение» Иван Грозный взял из казны астрономическую сумму в 100 тысяч рублей.
На территории опричнины существовала своя Боярская дума, приказы, которые подчинялись воле царя. Было создано опричное войско, ставшее послушным инструментом в расправах Ивана Грозного над его противниками. Волна террора, грабежей и убийств захлестнула страну. Гибли ни в чем не повинные люди. Любое выражение протеста каралось смертью. Царь не остановился даже перед смещением с престола митрополита Филиппа, а затем и убийством бывшего главы русской православной церкви. Пик опричного террора пришелся на захват и разорение зимой 1570 г. Новгорода. По разным подсчетам историков, здесь было казнено от 4 до 15 тысяч человек.
Опричнина стала формой новой власти, направленной на утверждение самодержавия царя, закрепощение народа и ликвидацию представительских начал в управлении государством.
Разгул опричнины подорвал экономический и военный потенциал страны, открыл ее границы для набегов татар. В 1571 г. крымский хан Девлет-Гирей захватил и сжег дотла Москву. Положение было настолько угрожающим, что ради заключения мира Иван Грозный готов был уступить Крыму г. Астрахань. Опричное войско срочно было объединено с земскими полками. Когда на следующий год был повторен набег, русские войска под командованием князя М. И. Воротынского наголову разбило захватчиков.
Эта победа дала основание некоторым историкам говорить об отмене в 1572 г. опричнины. Другие специалисты придерживаются точки зрения, что она просуществовала до самой смерти Ивана Грозного. В пользу такого суждения говорит тот факт, что репрессии не прекращались и в дальнейшем. Их новая волна пришлась на 1573–1575 гг., когда были казнены многие известные государственные и военные деятели страны, в том числе и спаситель Москвы – Воротынский.
Результаты опричнины были ужасающи: оказался разгромленным и опустел центр страны, были заброшены и пустовали многие земли. В Московском уезде возделывалось всего 16 % пашни. Люди бежали в неразоренные районы. В 1581 г. Иван Грозный вынужден был издать указ о «заповедных летах», во время которых запрещался переход в Юрьев день. Крестьяне все больше закреплялись за феодалами. Разруха, голод, беды, потеря личной свободы стали той платой, которую заплатил народ за установление самодержавной власти в России.