Со смертью Отрепьева причины, породившие самозванчество, не исчезли. По-прежнему верил в «доброго царя» народ. А уцелевшие подручные Лжедмитрия распускали слухи о его очередном чудесном спасении. Руководителем движения против В. Шуйского на некоторое время стал И. И. Болотников. Это был опытный воин. Во время одного из походов он попал в плен к татарам, был продан в рабство в Турцию. Служил гребцом на галерах. Во время морского сражения ему удалось бежать. Через всю Европу Болотников пробирался на родину. В Польше сторонники самозванца убедили его в существовании «истинного царя», воеводой которого он и стал. Отряды Болотникова состояли из казаков, дворян южных уездов, крестьян. Летом 1606 г. это разношерстное войско двинулось к Москве.
Царские полки, пытавшиеся оказать сопротивление, были разгромлены. В октябре 1606 г. Болотников подошел к столице и стал лагерем в с. Коломенском. Однако осада не увенчалась успехом. Отряды тульского и рязанского дворянства под командованием П. Ляпунова и И. Пашкова перешли на сторону правительства. В. Шуйский предпринял решительные меры по защите Москвы, заручился поддержкой наиболее богатых русских городов и церкви. Ему на помощь подошли подкрепления. В сражении 2 декабря 1606 г. восставшие были разбиты и отступили к Калуге. После пятимесячной обороны этого города Болотников вынужден был отойти к хорошо защищенной Туле.
Собрав большую армию, Шуйский сам возглавил осаду этого укрепленного центра восставших. Одновременно с этим были предприняты меры по привлечению на сторону правительства дворянства. 9 марта 1607 г. до 15 лет был увеличен срок возвращения беглых крестьян их владельцам. Царь не жалел денег для выплат «кормовых денег» войскам. Эти действия на некоторое время укрепили авторитет Шуйского. Царские полки перекрыли подвоз продовольствия к Туле. Среди осажденных начался голод. Чтобы сломить сопротивление повстанцев, на р. Упе была сооружена плотина. Значительная часть города оказалась затопленной. В сентябре 1607 г. обессиленные защитники Тулы, поддавшись на обещания царя о помиловании, сдались. Многих из них, в том числе и Болотникова, ждала безжалостная расправа.
Но эта победа не обеспечила устойчивого положения Шуйского. Речь Посполитая не отказалась от захвата чужими руками власти в России. Осенью 1607 г. ею была оказана помощь в организации еще одного похода на Москву под руководством нового самозванца. О происхождении этого соискателя царской короны известно еще меньше, чем об Отрепьеве. Ходили слухи, что родом он был из-под белорусского города Шклова, где учительствовал. Он не обладал способностями своего предшественника, но за его спиной стояла шляхта. Главной силой войска Лжедмитрия II были отряды польского дворянства и казачества. Не встречая сильного сопротивления, самозванец быстро подошел к Москве и остановился в с. Тушино. От названия этого населенного пункта происходит и прозвище самозванца – «тушинский вор».
Под его знамена стали стекаться все недовольные политикой Шуйского. Здесь они надеялись получить новые земли и чины. В Тушино действовала Боярская дума и появился свой патриарх (Филарет). Лжедмитрию II удалось захватить несколько крупных городов страны, взять в осаду Троице-Сергиев монастырь. В этих условиях Шуйский вынужден был обратиться к Швеции с просьбой о предоставлении войск.
Объединенное русско-шведское войско возглавил родственник царя талантливый полководец М. В. Скопин-Шуйский. В ряде сражений отряды самозванца потерпели поражение, произошло освобождение от 16-месячной осады Троице-Сергиева монастыря. «Тушинский вор» бежал в Калугу, где вскоре был убит.
Но шведские войска, вовремя не получившие обещанного жалования занялись разбоем и грабежами. А заключение Россией военного союза со Швецией, воевавшей в это время с Речью Посполитой, дало повод к прямой польско-литовской интервенции. Войска Сигизмунда III осадили Смоленск.
В апреле 1610 г. неожиданно скончался Скопин-Шуйский. Возможно, он был отравлен женой брата царя Д. Шуйского, который сам стремился стать командующим русскими войсками. Но полководцем он был плохим и в июне 1610 г. В сражении под д. Клушино, близ г. Можайска, потерпел поражение.
В обстановке неудач возник заговор против царя В. Шуйского. В июле 1610 г. он был низложен и насильственно пострижен в монахи. У власти оказались семь бояр во главе с Ф. И. Мстиславским («семибоярщина»). Они пошли на предательство национальных интересов, пригласив на трон сына польского короля – Владислава. Опасаясь за свою безопасность, бояре впустили в Москву войска гетмана Жолкевского.
К Сигизмуду III было направлено посольство во главе с тушинским патриархом Филаретом. Но оно было встречено далеко не милостливо. Король потребовал царскую корону для себя и отверг условие принятия православия. Это означало включение России в состав Речи Посполитой и будущее окатоличивание населения страны. Послы были взяты под стражу.
Казалось, русское государство находилось накануне полного краха.