В 1581 г. Иван Грозный в порыве ярости и гнева убил своего старшего сына и наследника Ивана. О содеянном он горько жалел и каялся, осознавая, что лишил государство сильного правителя. Сохранившиеся документы характеризуют погибшего царевича как решительного и беспощадного человека, во многом напоминавшего своего отца. Его полной противоположностью был второй сын царя Федор. Он не обладал ни острым умом, ни глубокими познаниями, был слаб здоровьем. Терпимость, религиозность, любовь к церковным службам отличали его характер и поведение. Чувствуя неспособность Федора к правлению, царь незадолго до своей смерти в 1584 г. составил боярский совет, в который вошли наиболее доверенные люди: Б. Бельский, И. П. Шуйский, Н. Р. Юрьев, И. Ф. Мстиславский. На этот орган Иван IV, по-видимому, возлагал функции управления государством в случае неспособности нового царя выполнять свои обязанности.
В боярский совет не вошел Борис Годунов, неродовитый дворянин, сумевший выдвинуться в годы опричнины. В царском окружении он отличался хитростью, целеустремленностью, жаждой власти. К тому же он был родственником Федора Ивановича: женой царя стала сестра Бориса – Ирина. Видимо, желанием оградить сына от влияния шурина и руководствовался Иван Грозный, отказав ему в праве входить в состав боярского совета.
Но Борису Годунову постепенно удалось оттеснить от власти знатных бояр и занять место фактического правителя при слабовольном царе. В отличие от Ивана Грозного он не прибегал в своей политике к использованию широких репрессий, не натравливал одну группу феодалов на другую. Иные задачи стояли перед ним. Борис Годунов понимал, что для существования государства требуется ликвидировать губительные последствия опричнины и консолидировать слой землевладельцев.
Для этой цели в 1592–1593 гг. был подтвержден указ о «заповедных летах», введенный Иваном IV как временная мера. А с 1597 г. вводились «урочные лета». В течение 5 лет подлежали сыску и возвращению к бывшим хозяевам все бежавшие крестьяне вместе с семьей и имуществом. Была усилена зависимость холопов. Кабальные холопы потеряли право получить свободу, уплатив долг. Они оставались в полной зависимости до самой смерти своего господина. Эти меры отвечали интересам всех феодалов.
Наряду с этим Борис Годунов стремился улучшить положение средних и мелких помещиков. Для них было предусмотрено облегчение несения военной службы. При условии владения небольшим количеством земли предусматривалось уменьшение числа воинов, выезжающих вместе с дворянином на войну. Подобная мера была вызвана тем, что в это время происходил интенсивный процесс дробления имений. Если в начале XVI в. на одно поместье приходилось 25 крестьянских дворов, то через сто лет – всего лишь 6. Особенно явно такая тенденция проявлялась на южных окраинах страны и на не так давно присоединенных землях. Например, в районе Рязани, Путивля и других городов. Правительство было обеспокоено складывавшейся ситуацией и стремилось не допустить оскудения дворян.
Активно занимался Годунов укреплением южных границ страны от набегов татар. По его инициативе строились новые города, поощрялась торговля и ремесло.
Большие успехи были достигнуты во внешней политике. В 1587 г. удалось продлить мирный договор с Речью Посполитой. В результате войны 1590–1593 гг. со Швецией были отвоеваны Ивангород, Ям, Копорье, Корела. Россия вновь вышла к Балтике. Эти завоевания были закреплены за страной по Тявзинскому мирному договору 1595 г.
Деятельность Годунова поддерживалась церковью. Но и сам правитель делал все возможное для усиления ее авторитета. Так при его активном участии в России было учреждено патриаршество. В 1589 г. русская православная церковь освободилась от формальной зависимости от Константинополя. Первым патриархом стал московский митрополит Иов.
Но положение Годунова было непрочным. Его ненавидела знать, которую он лишил влияния на царя. Не удалось ему заручиться и поддержкой широких слоев населения. Не прибавила авторитета правителю и таинственная смерть в г. Угличе младшего сына Ивана Грозного царевича Дмитрия. По официальной версии страдавший эпилепсией мальчик скончался в 1591 г., наткнувшись во время игры на нож. Но среди народа распространялся упорный слух об организованном Годуновым убийстве. В стране зрело всеобщее недовольство. Для сохранения власти уже было недостаточно политического таланта, а требовались неординарные меры.