Когда блаженный по целым ночам молился пред Животворящим Крестом Господним на паперти Тульского Успенского собора в кремле или в Николочасовенском храме, то случайно проходившие видели его, окруженного светлым сиянием и стоящего как бы на воздухе.
Долгие десятилетия с ранней юности до поздней старости продолжал свой подвиг блаженный Иоанн, пока не прошел достойно свой земной путь, уйдя в вечные обители Царя Небесного.
Около 80 лет жил Иван Степанович, юродствовавший большую часть своей жизни. За две недели до смерти он заболел, а за два дня предсказал домашним свою кончину. «У вас через два дня будет пир», – сказал он им, что и исполнилось в точности. В четверг 12 (25 н. ст.) января 1849 года Иван Степанович преставился ко Господу. Немедленно узнали о блаженной кончине юродивого жители города. Громадные толпы народа шли к дому, где лежало тело почившего, чтобы отдать последнее целование блаженному.
В воскресенье, 15 января, тело почившего перенесено было в храм Святителя Николая, что на Посольской улице. Отпевал Иоанна сам Преосвященный Дамаскин – епископ Тульский и Белевский. Множество городского духовенства сослужило своему святителю. Несколько дней тело почившего старца стояло в храме. Будто спящий, лежал во гробе блаженный, а все новые и новые волны народной толпы приходили ко гробу, чтобы отдать ему последние почести.
Тело блаженного старца погребено было в том же Николочасовенском храме, в углу левой стороны, согласно с волей почившего. Долгое время служились ежедневно панихиды у могилы, и многие получали исцеление по молитвам блаженного Иоанна. К нему и доныне прибегают многие, особенно страдающие запоем, и он помогает им своим ходатайством.
В 30-е годы, когда храм был разрушен, святые останки блаженного Иоанна были перенесены на Всехсвятское кладбище. В 1988 году к 1000-летию крещения Руси архиерейский Собор Русской Православной Церкви причислил Иоанна Котельникова к лику местночтимых святых. В 1990 году 3 августа Владыка Серапион, митрополит Тульский и Белевский, с духовенством Собора совершили обретение его святых мощей. Мощи Иоанна Тульского, блаженного, ныне покоятся в левом приделе Свято-Успенского собора.