Геолог, геологеограф, геоморфолог, палеонтолог. Член Русского географического, Петербургского минералогического, Московского любителей естествознания, антропологии и этнографии, Московского археологического обществ.
Родился в имении Свольна Дриссенского уезда Витебской губернии (ныне Верхнедвинский р-н Витебской обл.). Обучаясь в Виленской гимназии, проявил большие способности к науке. С 1860 г. продолжил образование в Правительственном (Шляхетском) институте в Вильно. 18-летним юношей участвовал в восстании 1863–1864 гг. Был осужден на бессрочную рекрутскую службу в Сибири с конфискацией имущества и лишением дворянского звания. В 1869 г. И. Д. Черский по состоянию здоровья был уволен из армии без права выезда С 1871 г. работал в Восточно-Сибирском отделе Императорского Русского географического общества в Иркутске. В 1885 г. получил амнистию и вместе с семьей переехал в Петербург.
Наибольших достижений добился в области геологии и географии. Изучал геологическое строение Саян, Присаяния, Приангарья, бассейнов рек Селенги и Тунгуски, почтового пути от Иркутска до Урала Особенно большое научное значение имели его экспедиции по исследованию оз. Байкал, по изучению останков мамонтов в бассейнах рек Колымы и Индигирки.
Не имея необходимой специальной подготовки, в крайне неблагоприятных условиях самостоятельно заполнял пробелы своего образования. Сначала урывками в Омске, в казармах. В Иркутске под руководством выдающихся натуралистов Б. И. Дыбовского и А. Л. Чекановского научные занятия стали более систематическими. За время пребывания Черского в Иркутске в изданиях Восточно-Сибирского отделения Императорского Русского географического общества, а затем Петербургской академии наук были опубликованы статьи с результатами его самостоятельных работ по геологии Сибири и остеологии современных и вымерших позвоночных животных Сибири.