Законодательство называет задачами таможенных органов следующие: 1) содействие реализации единой торговой политики Таможенного союза; 2) обеспечение исполнения таможенного законодательства Таможенного союза и иного законодательства государств – членов Таможенного союза, контроль за исполнением которого возложен на таможенные органы;3)совершение таможенных операций и проведение таможенного контроля, в том числе в рамках оказания взаимной административной помощи; 4) взимание таможенных платежей, а также специальных, антидемпинговых и компенсационных пошлин, контроль правильности их исчисления и своевременности уплаты, принятие мер по их принудительному взысканию в пределах своей компетенции;
5) обеспечение в пределах своей компетенции соблюдения мер таможенно-тарифного регулирования и запретов и ограничений в отношении товаров, перемещаемых через таможенную границу; 6) обеспечение в пределах своей компетенции соблюдения прав и законных интересов лиц в области таможенного регулирования и создание условий для ускорения товарооборота через таможенную границу; 7)обеспечение в пределах своей компетенции мер по защите национальной безопасности государств – членов Таможенного союза, жизни и здоровья человека, животного и растительного мира, окружающей среды, а также в соответствии с международным договором государств – членов Таможенного союза – мер по противодействию легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма при осуществлении контроля за перемещением через таможенную границу валюты государств – членов Таможенного союза, ценных бумаг и (или) валютных ценностей, дорожных чеков; 8) выявление, предупреждение и пресечение административных правонарушений и преступлений в соответствии с законодательством государств – членов Таможенного союза; 9) обеспечение защиты прав интеллектуальной собственности на таможенной территории Таможенного союза в пределах своей компетенции; 10) ведение таможенной статистики.