Деятельность таможенных органов основана на принципах:
1) законности;
2) равенства лиц перед законом, уважения и соблюдения их прав и свобод;
3) единства системы таможенных органов и централизованного руководства;
4) профессионализма и компетентности должностных лиц таможенных органов;
5) ясности, предсказуемости, гласности действий должностных лиц таможенных органов, понятности требований таможенных органов при проведении таможенного контроля и совершении таможенных операций, доступности информации о правилах осуществления внешнеэкономической деятельности, таможенном законодательстве Таможенного союза и законодательстве Российской Федерации о таможенном деле;
6) единообразия правоприменительной практики при проведении таможенного контроля и совершении таможенных операций;
7) недопущения возложения на участников внешнеэкономической деятельности, лиц, осуществляющих деятельность в сфере таможенного дела, перевозчиков и других лиц чрезмерных и неоправданных издержек при осуществлении полномочий в области таможенного дела;
8) совершенствования таможенного контроля, применения современных информационных технологий, внедрения прогрессивных методов таможенного администрирования, в том числе на основе общепризнанных международных стандартов в области таможенного дела, опыта управления таможенным делом в иностранных государствах – торговых партнерах Российской Федерации.
Согласно российскому законодательству, таможенные органы находятся в помещениях, находящихся в федеральной собственности, в пунктах пропуска через государственную границу РФ либо в местах, определенных федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным в области таможенного дела, исходя из объема пассажиро- и товаропотоков, степени интенсивности развития внешнеэкономических связей субъектов РФ, уровня развития транспортных коридоров и транспортной инфраструктуры, потребностей участников внешнеэкономической деятельности и транспортных организаций.