Согласно Федеральному закону «О Таможенном регулировании в РФ», общее руководство таможенным делом в Российской Федерации осуществляет Правительство Российской Федерации. Непосредственную реализацию задач в области таможенного дела обеспечивает федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный в области таможенного дела.
На федеральном уровне функции по выработке государственной политики и нормативному правовому регулированию в области таможенного дела и единообразное применение всеми таможенными органами на территории Российской Федерации таможенного законодательства Таможенного союза и законодательства Российской Федерации о таможенном деле осуществляет федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный в области таможенного дела, в соответствии с таможенным законодательством Таможенного союза и (или) законодательством Российской Федерации, а функции по выработке государственной политики и нормативному правовому регулированию в сфере таможенных платежей и определения таможенной стоимости товаров – федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный в области финансов.
Таможенные органы составляют единую федеральную централизованную систему. Должностными лицами таможенных органов являются граждане РФ, замещающие в порядке, установленном законодательством РФ, должности сотрудников и федеральных государственных гражданских служащих таможенных органов РФ.
Таможенными органами являются:
1) федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный в области таможенного дела;
2) региональные таможенные управления;
3) таможни;
4) таможенные посты.
Компетенция конкретных таможенных органов по осуществлению конкретных функций, совершению определенных таможенных операций, а также регион деятельности этих таможенных органов определяются федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным в области таможенного дела.
Федеральные таможенный орган вправе создавать специализированные таможенные органы и структурные подразделения; региональные таможенные управления, таможни и таможенные посты действуют на основании общих или индивидуальных положений, утверждаемых федеральным органом исполнительной власти.