8 января 1998 г. глава администрации Амурской области постановлением № 10 «О взаимодействии структурных подразделений администрации области при решении задач, связанных с развитием космодрома «Свободный» возложил на комитет экономики администрации Амурской области координацию деятельности структурных подразделений администрации области при решении задач в сфере отношений, определенных наличием на территории области космодрома «Свободный».
Ноябрь 1998 г. Поскольку разработка федеральной целевой программы развития космодрома «Свободный» в дальнейшем была приостановлена, а функционирование космодрома требовало планового финансирования, Главнокомандующим РВСН В. Н. Яковлевым и Генеральным директором РКА Ю. Н. Коптевым в ноябре 1998 г. была утверждена межведомственная программа использования и развития космодрома «Свободный» на период до 2010 года. Программа согласована ГП «Московский институт теплотехники» (научно-технический центр «Комплекс-МИТ») и НПО машиностроения.
К основным задачам, решаемым на космодроме, относились:
– эксплуатация космического ракетного комплекса легкого класса семейства «Старт» с целью выведения космического аппарата массой до 600 кг на низкоширотные, полярные и солнечно-синхронные орбиты по Федеральной космической программе и программам международного сотрудничества (ГП МИТ);
– создание и эксплуатация космического ракетного комплекса «Стрела» с целью выведения космического аппарата массой до 1600 кг на низкоширотные, полярные и солнечно-синхронные орбиты высотой 200–2000 км (НПО машиностроения).
Одновременно Министерство обороны Российской Федерации и Российское космическое агентство утвердили решение о порядке финансирования содержания объектов инфраструктуры космодрома «Свободный», используемых для обеспечения функционирования ракетно-космических комплексов семейства «Старт» и «Стрела» на основе межведомственной программы использования и развития космодрома Свободный» на период до 2010 года.
С 1 января 1999 года содержание космодрома устанавливалось осуществлять на основе долевого финансирования Министерства обороны РФ, ГП «Московский институт теплотехники» (научно-технический центр «Комплекс-МИТ») и НПО машиностроения. Финансирование планировалось осуществлять равными долями, ежемесячно в течении года. В этот период РВСН и РКА особой заинтересованности к разработке федеральной целевой программы развития космодрома, предлагаемой КБ «Транспортного машиностроения» и администрацией Амурской области, не проявляли.
В течении 1998 года РВСН и администрацией Амурской области для запусков ракет-носителей «Старт-1» разрабатывался новый договор об эпизодическом использовании районов падения отделяющихся частей ракет-носителей.