1 марта 1996 г. Президентом РФ Б. Н. Ельциным был подписан Указ о создании 2-го Государственного испытательного космодрома Министерства обороны Российской Федерации («Свободный») в составе ВКС РФ на базе 17-го ГЦИП КС Минобороны России.
В качестве основных задач определялось проведение работ по подготовке к пуску в 1996–1997 годах конверсионных ракет-носителей легкого класса «Рокот» и «Старт» и разработка в 1996 году эскизного проекта стартового комплекса ракет-носителей тяжелого класса «Ангара». Начальником космодрома был назначен генерал-майор А. Н. Винидиктов.
В апреле 1996 г. сотрудниками аналитического центра геологического института Российской академии наук начаты работы по проведению комплексного экологического обследования космодрома «Свободный», проводимые по договору с Управлением экологии и специальных средств защиты Министерства обороны Российской Федерации в течение 1996–1997 годов, задачей которого была подготовка прогноза воздействия строительства и эксплуатации космодрома, определение экологического риска и природоохранных мероприятий для его снижения. В результате проведённого комплексного экологического обследования (промежуточные материалы 1996 г.) был сделан вывод о необходимости разработки комплексной программы оценки санитарно-эпидемиологического состояния территорий районов, прилегающих к космодрому.
30 мая 1996 г. Постановлением № 299, подписанным исполняющим обязанности главы администрации Амурской области А. В. Суратом, создана комиссия по выбору земельного участка для строительства космодрома и эпизодического использования районов падения отделяющихся частей ракет. Члены комиссии указывали на то, что для предоставления земельного участка под стартовый комплекс космодрома необходимо провести государственную экологическую экспертизу и ее результаты представить на рассмотрение комиссии.
Отсутствие экологической экспертизы препятствовало подготовке материалов о предоставлении земельного участка под стартовый комплекс. Государственный комитет Амурской области по земельным ресурсам и землеустройству так же отмечал, что за воинской частью 2-го государственного испытательного космодрома числилось 291 га нарушенных земель, которые, в соответствии с действующим законодательством РФ, необходимо рекультивировать и возвратить прежнему землепользователю. Окончательно земельный вопрос был решён только в начале 2000-х годов.
20 августа 1996 г. директором ЦНИИмаш В. Ф. Уткиным было утверждено заключение о воздействии на окружающую природную среду ракетно-космического комплекса «Старт-1» в применении к космодрому «Свободный». Указывалось, что «…риск отрицательного воздействия на здоровье населения, связанного с пуском ракеты, не выходит за пределы принятых в ряде стран допустимых значений (10-6) и на два порядка ниже, чем при эксплуатации автомобиля. Использование ракетно-космического комплекса «Старт-1» на космодроме представляется допустимым». Заключение готовилось с учетом результатов исследований, проведенных Институтом биофизики, Институтом прикладной геофизики, Санкт-Петербургским филиалом ВНИИ противопожарной обороны и АО «ТрансРЭС».
В 1996 году представителями администрации Амурской области и Министерства обороны Российской Федерации был подготовлен проект договора «О порядке и условиях эпизодического использования земельных участков для падения отделяющихся частей ракет-носителей «Старт-1.2» на территории Амурской области».