В советское время страну можно было мысленно разделить – на просвещённый, светский, русифицированный и советизированный север (с центром в Ленинабаде (он же Худжанд)) и на более отсталый, более религиозный, более национальный и традиционный юг (с центом в Сталинабаде (он же Душанбе)). Такое же разделение мы видим и в Киргизии – советский и светский север (центр – Бишкек) и национально-патриархальный религиозный юг (центр – Ош). Из транспортных и географических соображений, столицу Таджикской ССР водрузили в Сталинабад (Душанбе), а сама правящая верхушка (начиная с первого секретаря ЦК Компартии Таджикистана) были уроженцами северной части страны. Начальники-северяне были более удобны (для СССР), говорили и думали по-русски, и лучше проводили на местах «линию партии».
Как всё начиналось на самом деле, – в полной мере не расскажет никто. Далее приводится одна из версий. Поводом для гражданской войны стало засилье «северян» в столичных управляющих структурах, а «топливом» послужили религия, национальные и патриотические чувства. В начале 1990-х годов существенная территория страны перешла под контроль оппозиции. В этих местах появилось так называемое «самоуправление». Тавильдара, Гарм, Джаргаталь, Комсомолабад и прилегающие районы – к востоку и юго-востоку от Душанбе – стали некоторым аналогом масхадовской Чечни, с религиозным уклоном. На территории этих районов был введён шариат, запрещались провоз и употребление водки и других алкогольных напитков, курение; женщины ходили в традиционной одежде с покрытой головой; на полуразрушенных постах ГАИ, на неподвижных (от отсутствия топлива) танках сидели вооружённые бородатые люди, останавливали редкие проезжающие машины, изымали запретные продукты (типа водки), а с дозволенных (например, с арбузов) взимали натуральный налог. Оружия было очень много; придя в чайхану, воители садились на дастрархан, а автоматы кучкой прислоняли в угол. Обитатели повстанческих регионов жили, в основном, сельским хозяйством; многие покинули Таджикистан в поисках лучшей доли. Граница с официальной территорией проходила очень близко к Душанбе – оппозиция завелась даже в Вахдате (Орджоникидзебаде), в восточном пригороде столицы (18 км), столица фактически была прифронтовой территорией. Курган-Тюбе после боёв попал под контроль правительства; Куляб всегда был правительственным – в нём базировалась российская армия, 201-я дивизия, частично оставшаяся в городе до сих пор.
В самом Душанбе почти в каждом дворе можно было увидеть вооружённого автоматом мужчину; вечером в столице наступал комендантский час, и только солдаты разъезжали в кузовах грузовиков по городу и клацали оружием. Перебои с электричеством стали нормой и на правительственной, и на моджахедской территории; дороги не ремонтировались; чтобы устроиться в столице на $10 в месяц, нужно было иметь блат и быть высококлассным специалистом; люди попроще могли найти себе работу на бирже труда за $2. Минимальная месячная зарплата (среди тех, что предлагали соискателям) – зарплата сторожа – составляла всего $0,6; неудивительно, что многие сторожа активно продавали налево сторожимое ими имущество. На улицах столицы пожилые люди пытались продать хоть кому-то содержимое своих квартир; множество людей уехало в Россию, включая почти всех русских; квартиру в Душанбе можно было купить за $500—1000, а четырёхкомнатную в центре – за $3000. Были и люди, что меняли свою квартиру в Таджикистане на билет в Москву, в один конец. Столицу наводнили афганцы, бегущие массово из соседнего Афганистана, где тем временем на север наступали талибы.
Росийское правительство резонно опасалось, что две моджахедские территории – территория «Талибана» в Афганистане и территория ОТО (объединённой таджикской оппозиции) соединятся между собою, с последствиями непредсказуемыми. Следующим очагом сепаратизма могла бы стать, традиционно религиозная, узбекская Ферганская долина. Правительство Узбекистана поддерживало таджикское, но при этом, на всякий случай, именно тогда и дало указание минировать границу с Таджикистаном. А российская армия, в виде 201-й дивизии, продолжила базироваться в Таджикистане. Российские пограничники охраняли границу Таджикистана и Афганистана весь период с 1992 по 2005-й примерно год, и только около 2005 постепенно выдвинулись домой, уступив пограндежурство своим таджикским коллегам.
Территория, подконтрольная оппозиции, и правительственная территория, не имели ярко размеченной границы. Просто прекращались дорожные посты оппозиционеров и начинались посты правительственные, причём на правительственной территории документ проверяли чаще, и приставали назойливей. В некоторых городах присутствовали и сторонники правительства, и оппозиционеры, собирались на митинги и критиковали, а иногда и убивали друг друга. В войне погибло, по разным данным, 60—100 тысяч человек.
Деньги и там, и там, использовались одни и те же – таджикские рубли, похожие на советские (только размером поменьше). С одной территории в другую, во времена затишья, время от времени ездили местные жители – к родственникам, на базар. Но крупные партии грузов водители не везли через территорию «самоуправления» – боялись. Перебои с хлебом (мука здесь привозная) были частыми в городах, а раздобыть мешок муки считалось настоящим счастьем.
Очень трудно пришлось жителям Памира в это время. Высокогорный Памир, всегда в советские годы имевший хорошее «центральное» снабжение, вдруг лишился всего в одночасье. Магазины опустели, денег тоже не стало, товары почти перестали приходить, электричество иссякло – топливо для генераторов доставлялось машинами в советское время, а сейчас перестало. Пришлось возвращаться к натуральному хозяйству столетней давности, от чего памирцы, разумеется, давно отвыкли. Фрукты и овощи на Памире не растут – слишком высоко и холодно, а скота, что осталось от колхозов, явно не хватало, чтобы прокормить 200 тыс. памирцев – да и из оставшегося скота часть зарезали с голодухи, а часть перегнали в обмен на пакистанские товары в соседний Афганистан. А ещё на Памире 7 месяцев в году – зима, когда вообще жить без еды и электричества и топлива невозможно.
Памирцы могли бы и впрямь поумирать с голоду, но им пришёл на помощь фонд Ага-Хана (о котором будет ещё сказано в статье, посвящённой Памиру). Десять лет подряд из фонда Ага-Хана каждой памирской семье выделялся мешок муки и жестянка растительного масла в месяц. Доставляли эти товары в основном через киргизский Ош. Благодаря этому памирцы пережили блокаду и гражданскую войну. Также, через Памир, официально нейтральный, провозились некоторые грузы и люди из Афганистана в оппозиционные районы Афганистана, а российские пограничники за всем и не услеживали.
Во многих бедных странах гражданские войны длятся постоянно десятки лет. К счастью, Таджикистан избежал такой участи. Постепенно правительству удалось, мало-помалу, разрешить многие спорные вопросы. Действующий Президент – Эмомали Рахмон – уроженец юга, а не севера. Некоторых деятелей оппозиции удалось убить, а с другими – договориться, благодаря чему они влились в ряды новой власти, подкорректировав свои «непримиримые» убеждения. В 1997 году президент Таджикистана и лидер оппозиции подписали мир; правительство пошло на определённые уступки; оппозиция – тоже. Народ устал от войны, но напряжённость и мелкие стычки продолжались ещё несколько лет. Сохранялось и «самоуправление» в восточных регионах страны. С уходом талибов из крупных городов Афганистана зарубежная поддержка оппозиционеров сократилась. Постепенно, мало-помалу, к 2000 году, противостояние сошло на нет.