Латинское название отдела Хвойные – Pinophyta – формируется из названия типового семейства (в данном случае Pinaceae – сосновые).
В русском языке название отдела – Хвойные – происходит от слова «хвоя», хотя далеко не все представители имеют листья иглообразной формы. Также не совсем корректным являлось и более старое название – Coniferae, «шишконосные» – поскольку не все хвойные растения имеют шишки.
Отдел хвойных растений состоит всего из одного класса – Pinopsida, который включает как все вымершие, так и все существующие таксоны. Раньше чаще всего происходило деление класса Pinopsida на два порядка – тисовые (Taxales) и собственно хвойные (Pinales), однако последние исследования последовательностей ДНК показали, что такое деление некорректно, поэтому порядок Тисовые был включен в состав Pinales. Соответственно, на сегодняшний день класс Хвойные включает в себя три вымерших порядка (Кордаитовые Cordaitales, Войновскиевые Vojnovskyales, Вольциевые Voltziales) и один ныне существующий (Сосновые Pinales), в котором рассматриваются 7 семейств (Araucariaceae – Араукариевые, Cephalotaxaceae – Головчатотисовые, Cupressaceae – Кипарисовые, Pinaceae – Сосновые, Podocarpaceae – Подокарповые, Sciadopityaceae – Сциадопитисовые, Taxaceae – Тисовые) с общим количеством родов 65…70 и 600…650 видов.