В 1645 году Мильтон издаёт сборник своих стихов и сонетов, написанных в течение года. Молодой дамой, которая воспевается в сонетах, предполагается быть некая мисс Дэвис, о которой Мильтон, оставленный своей супругой, начинает думать как о кандидате на роль второй супруги. Между тем, его политическая ситуация изменяется радикально. Лето 1645 года приносит победу протестантам в парламенте, а с этим все надежды роялистов обращаются в оскорбительное поражение. Семья Повелл видит ясно, что семейная связь с Мильтоном может быть не только безопасной, но и приносящей выгоды. К тому же Мэри Повелл начинает выражать перемену в своём сердце по отношению к мужу в виду появившейся конкуренции. Нет сомнений в том, что описание примирения между Адамом и Евой в «Потерянном Раю» написано под влиянием свежих воспоминаний похожей сцены, пережитой самим автором.
В течение 1648 года Мильтон переводит девять из своего собрания псалмов.
Поскольку слепота Мильтона наступила не сразу, а подкралась к нему в форме постепенного ухудшения зрения, сложно определить точную дату для констатирования окончательной потери зрения у Джона Мильтона. В своём письме к другу, датированному сентябрём 1654 года, он сообщает, как на протяжении нескольких лет он чувствовал, как его зрение становилось слабее и слабее, как свет «затухал в постоянной темноте, как это происходит сразу после погасшей свечи».
В 1653 году Мильтон овдовел. Жена оставила его слепым, с тремя детьми, все девочки, младшей было всего два года, старшей – не более восьми. В этих обстоятельствах он вступил в свой второй брак. Мисс Вудкок была дочерью капитана Видкока из Хакни. Вместе с Катриной Вудкок Мильтон испытал счастье в своей семейной жизни, которого он не надеялся найти до встречи с Катрин. Дети выказывали также признаки улучшения своих способностей под её влиянием. К сожалению, этот луч света, осветивший и обогревший жизнь поэта, был короток от природы. После пятнадцати месяцев супружества, его супруга умерла во время рождения ребёнка вместе с новорожденным. Этот изумительно прекрасный сонет выражает чувства Мильтона, не желающего забыть свою прекрасную жену:
Я поминаю мою поздно повитую святую
Принесённую мне как Альцеста из могилы,
Которую великий сын Джова отдал счастливому мужу,
Спасённую от смерти силой, пусть бледной и слабой.
Моя, как та, которую омытую после рождения ребёнка,
Очищение в древнем законе спасло,
Такой, ещё раз мне доверено лицезреть
Весь образ её на небесах, без границ,
Пришедшая вся в белом, чистом как её сознание:
Её лицо под вуалью, но для моего взора
любовь, сладость, добро её личности светились
Так ясно, как чешуя плотвы, только ещё более ярко.
Только, о! лишь только она попыталась меня обнять,
Я проснулся; её след простыл; и день принёс обратно мою ночь.
(перевод Арк. Штейнберга)
Methought I saw my late-espoused saint
Brought to me, like Alcestis, from the grave,
Whom Jove’s great son to her glad husband gave,
Rescued from Death by force, though pale and faint.
Mine, as whom washed from spot of child-bed taint,
Purification in the old law did save,
And such, as yet once more I trust to have
Full sight of her in heaven without restraint,
Came vested all in white, pure as her mind:
Her face was veiled; yet to my fancied sight
Love, sweetness, goodness in her person shined
So clear, as in no dace with more delight.
But, oh! as to embrace me she inclined,
I waked; she fled; and day brought back my night.
(текст стихотворения цитируется по The Complete Poetry and Essential Prose of John Milton)
Восемь лет прошло перед тем, как Мильтон заключил брак в третий раз. После своего бегства от преследований нового режима Реставрации в Бартоломью Клоуз, Мильтон вернулся в 1664 обратно в Лондон и поселился в доме на Джуин Стрит, где он отметил свой брак с Елизабет Миншул, дочерью мистера Роберта Миншула из Вистастона, около Нанвич, в Чешире. Мильтону было 56, его супруга была на тридцать лет младше его. К тому времени его старшей дочери минуло 18, средней – 16. После заключения брака Мильтон переехал в дом на Банхил Филдз. В 1665 году Лондон постигает эпидемия холеры и Мильтон с семьёй спасаются бегством в свой летний дом в Чалфонте, что в Бакинхамшире. К этому времени он закончил, или почти закончил работу над рукописью к «Потерянному Раю».
Переждав холеру в относительной безопасности, Джон Мильтон вернулся в Лондон, в свой дом на Банхил Филдз, где его настигла смерть 8 ноября 1674 года. Его останки были погребены рядом с его отцом в капели церкви Святого Жильса, что в Криплгэйт.