В отношении своих религиозных убеждений Джон Мильтон был по многим пунктам в соответствии со своим временем и своей страной. Его отрочество и юность прошли в пуританской среде, и хотя его пиетизм был продуктом его собственного измышления и включал в себя некоторые элементы более свободного взгляда на вещи, необходимо отметить, что природный и органический результат его особого восприятия жизни и его воспитание никогда не покидали пуританский дух и полноту. После своей смерти Мильтон оставил среди своих рукописей углублённый тезис «Христианская доктрина» (Christian Doctrine). Известно с определённостью, что до своих сорока лет Мильтон был кальвинистом и приверженцем троичного догмата Бога. В отношении троичности Бога его восприятие претерпело изменение в еретическую сторону, если смотреть на вещи с точки зрения ортодоксии христианства, однако нет свидетельств этого изменения вплоть до появления в свет «Потерянного Рая», к этому времени Мильтону стукнуло за 60. Можно рассуждать о том, что им было задумано оставить на более глубокие и серьёзные изыскания «Христианской доктрины» те идеи, намеченные им в строках «Потерянного Рая», касающихся персон троичного Бога, которые обычно представляются равными между собой и как одна божественность, – что эти идеи были выражены намеренно как проба осознания божественности, отличной от принятого догмата. В «Потерянном Раю» Сын предстаёт как наивысшая форма создания, но всё-таки как создание; Дух Святой, который представлен как личность, подразумевается быть ниже Сына. Должно быть замечено в этой связи, что эти концепции не имели никакого влияния относительно прочих богословских догматов. Он продолжал верить в первородный грех человека и последствия этого греха для всего человеческого рода; он верил во спасение через Христа, в прощение грехов через покаяние, в оправдание через Христа, в восозидательную власть Святого Духа. Спасение грядёт, в сознании Мильтона, через троичность божественных личностей, хотя они и не равны между собой; а также через троичность положений, хотя эти положения и заняты персонами, имеющими различную натуру и власть. Мильтону ставилось в вину, что в свои преклонные года он не был приткнут ни к какой церкви, даже не участвовал ни в каких формах общественного богослужения. В его защиту можно заметить, что церковная полемика Мильтона была направлена против партии пресвитериан, а также в не меньшей степени против англиканской церкви как таковой, – единственной церкви, которая была разрешена в последние годы жизни Мильтона. Участие в богослужении, не связанном с англиканской церковью, было нарушением закона и каралось штрафом или тюремным заключением.