Отец Иоанн с молодости обладал даром целительства и чудотворения.
Однажды отца Иоанна пригласили в Петербург к знатной женщине, которая никак не могла разрешиться от бремени. Когда батюшка прибыл в дом, доктора сказали: поздно, плод умер во чреве, у матери – сепсис, и, скорее всего, она тоже умрет. Отец Иоанн попросил всех удалиться из комнаты роженицы. У ее кровати он опустился на колени и стал просить Господа спасти мать и ребенка. Через полчаса батюшка вышел к ожидающим в соседней комнате родственникам и сказал: «Богу было угодно воскресить младенца. Родился мальчик. Мать жива».
Постепенно чудес, свершенных Богом по молитве отца Иоанна, становилось все больше, вскоре о нем уже знали во всех городах России. Никогда и никому батюшка не отказывал в помощи. И вскоре слава его была так велика, что, когда он ездил из города в город, на всем пути его встречали многочисленные толпы людей, становившихся на колени при приближении кареты.
Тысячи людей ежедневно приезжали в Кронштадт, чтобы просить о. Иоанна о помощи в болезнях и нуждах. Он получал такое огромное количество писем и телеграмм, что кронштадтская почта вынуждена была открыть особое отделение для обработки его переписки.