Существует пять видов экспертиз: первичная, дополнительная, повторная, комиссионная, комплексная.
Первичной считает экспертиза, назначенная по делу впервые. Обычно ее проводит назначенный судмедэксперт, которому не воспрещается обращаться за консультацией к более узким специалистам. Если в ходе проведения экспертизы все вопросы были освещены и выводы удовлетворили следствие, версия следствия строится на выводах эксперта. Если вопросы прояснены не полностью или следователь имеет новые доказательства, противоречащие заключению эксперта, назначается дополнительная экспертиза. Она должна полностью прояснить все поставленные вопросы.
Иногда следователь не согласен с заключением эксперта и считает его выводы необоснованными, тогда может быть назначена повторная экспертиза, которую проводит другой эксперт. На назначение повторных экспертиз идут неохотно. Следователь должен очень жестко мотивировать необходимость в проведении повторной экспертизы. В обязательном порядке повторная экспертиза проводится по делам, заключение по которым давал эксперт, уличенный в предвзятости или пойманный на взятке.
При ведении сложных запутанных дел или дел с обилием противоречивых вещественных доказательств и показаний свидетелей назначается комиссионная экспертиза. В отличие от трех предыдущих экспертиз, которые проводит один эксперт (хотя и может консультироваться с узкими специалистами), комплексную экспертизу проводит комиссия экспертов (либо коллегиально, либо с участием профильных специалистов-врачей). Таковая экспертиза при достижении консенсуса оформляется в виде единого заключения, подписанного всеми экспертами, а если к единому заключению эксперты не пришли, то по вызвавшим несогласие вопросам каждый эксперт составляет свое заключение.
Комплексная экспертиза назначается, если требуется решить сложные вопросы с участием нескольких узких специалистов, каждый из которых проводит либо свое собственное исследование, либо ведет какой-то один этап в общем исследовании. Заключение в этом случае специалисты дают по объему исполненных ими работ, и каждый делает выводы касательно своей части исследования.