Некоторые уверяют, что Жозеф-Игнас сам уговорил отца отдать его на воспитание монахам-иезуитам, предполагая облачиться в сутану священнослужителя до конца своих дней. В таком случае непонятно, что отвратило молодого Гильотена от этой почтенной миссии, но в один прекрасный день он вдруг оказался студентом-медиком сначала в Реймсе, а потом в Парижском университете, который и окончил с выдающимися результатами.
В ряде источников говорится, что Жозеф-Игнас сначала учился теологии в Бордо, что он учился там семь лет и был блестящим учеником, но в 1763 году, то есть в 25 лет, он сбросил рясу и обратился к медицине.
Некоторые даже утверждают, что он был пострижен в монахи-иезуиты 4 апреля 1756 года.
А вот медицину он точно изучал в Реймсе и там 7 января 1768 года получил докторскую степень. Но принадлежность к «вторичному» факультету не устраивала его, и он решил податься в Париж.
В столице Жозеф-Игнас нашел себе домик, принадлежавший медицинскому факультету, и снял его за 324 ливра в год.
Он также узнал, что бывший ректор Жан де Диест в своем завещании от 18 сентября 1756 года предусмотрел сумму в 60 000 ливров, для того чтобы медицинский факультет на основании конкурса брал ученика на бесплатное содержание.
Жозеф-Игнас увидел в этом возможность снизить отцу затраты на его обучение. Он работал день и ночь, и 27 февраля 1768 года преподаватели признали его подопечным (стипендиатом) факультета.
27 августа 1770 года молодой человек получил диплом, а 26 октября того же года стал доктором медицины.
Девять лет Гильотен жил в Париже в съемном жилье. Некоторые из его адресов известны. Например, в 1778–1781 годах он жил на улице Монмартр, прямо напротив улицы Дю Жур, в 1782–1789 годах – на улице Бон-Занфан.
В 1768 году Гильотен окончил Парижский университет. А после этого стал преподавать анатомию, физиологию и патологию на медицинском факультете, и занимался он этим до 1783 года, параллельно ведя прием больных в своем личном кабинете.
В это время он сблизился с масонами и посещал заседания некоторых лож, дух прогресса и свободы которых соблазнял многих ученых в поисках истины.