Поступив в монастырь, юный послушник Иван Бирюков был замечен настоятелем игуменом Игнатием, который и назначил Ивана своим келейником. Здесь же в монастыре Иван стал изучать теорию музыки, освоил игру на скрипке и фисгармонии, а ещё через некоторое время стал руководить монастырским хором. В 1888 году послушник Иоанн издал нотный сборник догматиков знаменного пения. Известно также, что молодой регент написал несколько авторских духовных произведений, но они так и не были изданы. Судьба этих рукописей, к сожалению, не известна.
После своего пятнадцатилетнего управления монастырским хором молодой регент заболел туберкулёзом и, по решению монастырского начальства, в 1894 году был отправлен в более чем полугодовое паломничество по святым местам Греции и Палестины в надежде, что южный климат поспособствует его выздоровлению.
С января по сентябрь 1894 года Иван Бирюков посетил святыни Киева, Святой Земли, Египта, Ливана, побывал на Афоне и в Почаеве. Такое длительное путешествие действительно поправило его здоровье, однако от управления церковным хором послушник Иоанн был отстранён. Его новыми послушаниями стали работа в трапезной, звон в колокола, а также преподавание грамоты в монастырской школе.
В 1896 году, в возрасте тридцати лет и после восемнадцати лет жизни в обители, Иван Бирюков был официально зачислен в монастырские послушники, а ещё через год – 20 декабря 1897 года – игуменом Игнатием (Алексеевским) он был пострижен в монашество с именем Игнатий.