Тантрический буддизм (ваджраяна) расходится с индийской тантрой уже на ранних стадиях. Указываются четыре (пуп, сердце, горло, голова), пять, семь или десять чакр, «колес», каждое с различным количеством спиц. У чакры в области пупа, например, 64 спицы, у чакры в области сердца – 8, у чакры в области горла – 16 (как и в индийской концепции), а у чакры в области головы – 32. За основу берется головной центр, а не область перинеума, соотносимая в индийской тантре с телом и физическим сознанием. Горловой центр представляет более тонкое состояние сознания, состояние сна, а сердечный центр объединяет в себе все другие состояния: глубокую медитацию, сон без сновидений, мирные божества и чистый свет.
Теория кундалини понимается как пребывание красной и белой капель в чакрах пупа и головы соответственно. Иногда указываются и другие капли. Когда эти капли растворяются в центральном канале, человек обретет трансцендентное знание. Это происходит только в результате усиленных практик, а также в момент смерти, и известно как явление чистого света.