Научно-исследовательские работы в опытах биоорганического земледелия радикально отличаются от методов традиционного (биогенного) сельского хозяйства с применением синтетических минеральных удобрений и средств химической защиты растений, а также ретардантов и других химических препаратов.
При проектировании севооборотов для биоорганического земледелия в научно-исследовательских работах или производстве необходимо соблюдать общие правила. Эти севообороты должны быть отделены от традиционных на расстояние не ближе 30–50 м и полностью механизированы. По возможности поля эколого-биоорганических севооборотов должны быть отделены от общих полей других прилегающих хозяйств, по ним исключается передвижение любой сельскохозяйственной техники, груженной синтетическими химическими материалами и удобрениями, наносящими экологический вред данному полю. Для научно-исследовательских работ такой участок поля должен располагаться в стороне от общего массива сельскохозяйственных земель, окруженный лесом или лесными полосами, на более выровненном, без склона экологическом ландшафте, гарантирующем, что на него не будет воздействовать водная и ветровая эрозия, в том числе со стороны традиционного возделываемого поля. Подобранные поля или участки должны находиться от автомобильных магистральных дорог и железнодорожных путей на расстоянии не ближе 200–300 м.
Если переводится на биоорганическое земледелие полностью крестьянское (фермерское) хозяйство или сельскохозяйственный кооператив (СПК) или другое государственное или частное предприятие, создаются условия замкнутой производственной системы – замкнутый малый биологический круговорот веществ. При ведении хозяйства по принципу замкнутого круговорота веществ и энергии биоорганическое земледелие и животноводство организационно связываются внутри хозяйства, не загрязняют окружающую среду, что положительно сказывается на состоянии ландшафта и сохранении биоразнообразия. В таком производственном замкнутом цикле активизируются естественные природные процессы, способствующие улучшению агротехнических, биологических, агрофизических свойств, развитию почвенной биоты. Таким образом, экологическое хозяйство будет развиваться как система более высокого порядка, в целом как живой организм.
В биоорганическом хозяйстве синтезированные минеральные удобрения, химические средства защиты растений и регуляторы роста не разрешены, а это означает, что цель биоорганического земледелия не максимальный, а оптимальный, высокого качества урожай. Применение генетически модифицированных организмов (ГМО) в биоорганическом земледелии в странах Европейского Союза запрещено.