Лама Йонтен Гиалтсо родился в бедной крестьянской семье, проживающей в селении Нгава (тибетский регион Амдо). Когда ему было семь лет, известный Учитель по имени Лоден распознал в нем благородное существо, которое в будущем принесет пользу многим людям, и посвятил его в монашеский сан. Под руководством Догью, наставника по тантрическим ритуалам, он заучивал тантрические тексты и осваивал ритуалы и позднее сдал экзамены в одном из крупнейших монастырей традиции Джонанг – Сер Гомпа. Там же Лама проходил обучение по пяти наукам: поэзии, этимологии, лексикографии, астрологии, танцу и драме. Он получал наставления по различным практикам традиции Джонанг под руководством своего коренного учителя Ламы Кунга Тугдже Пала, считающегося воплощением Всеведущего Долпопы.
В возрасте семнадцати лет, сдав экзамены по Калачакра-тантре, Лама Йонтен Гиалтсо удалился в трехлетнее отшельничество, во время которого занимался практикой шести йог Калачакры. По результатам ретрита он удостоился высокой похвалы от Ламы Кунги Тугдже Пала – Лама Йонтен Гиалтсо был одним из его лучших учеников по Калачакра-тантре. Завершив трехлетнее отшельничество, Лама в течение года находился в ретрите по медитациям шаматха, випашьяна и махамудра. После этого он направился в Лхасу, где медитировал в таких местах, как пещеры Всеведущего Долпопы и его четырнадцати «учеников сердца» (недалеко от монастыря Тактен Пунцог Чолинг), пещеры Миларепы, Всеведущего Чогьялвы, Всеведущего Ньяпенпы, Тантона Гьялпо, Джецуна Кунга Дролчока и других.
На протяжении последующих десяти лет Лама Йонтен Гиалтсо занимался изучением буддийской философии и теории верного познания. В течение четырех лет Лама преподавал на тантрическом отделении Калачакры в монастыре Сер Гомпа, одновременно помогая практикующим, находящимся в строгом затворе по шести йогам Калачакры.
Лама был одним из инициаторов восстановления знаменитой ступы Джонанг Кумбум (см. ил. 4) в Тибете (находится рядом с монастырем Тактен Пунцок Чолинг), разрушенной во время китайской культурной революции. Вместе с монахом из этого монастыря они начали ее восстановление собственными силами: носили камни, скрепляли их раствором. Сейчас ступа полностью восстановлена.
Прибыв в Индию в 1997 году, Лама три года учился в школе философии Далай-ламы. Под руководством мастера по имени Нангва Пал он изучил пять важных трактатов буддийской философии: «Совершенство мудрости», «Срединный путь», «Действенное познание», «Монашеская дисциплина» и «Сокровищница знания». Затем Лама преподавал философию большому числу монахов.
Позднее Лама направился в монастырь Джонанг Тактен Пунцок Чолинг в Шимле (Индия) – главный монастырь традиции Джонанг за пределами Тибета. Этот монастырь в свое время Его Святейшество Далай-лама XIV даровал Халхе Джецуну Дамбе Богдо-гегену Ринпоче IX. В течение пяти лет Лама Йонтен Гиалтсо был заместителем настоятеля монастыря. Являясь одним из главных учителей, он время от времени также давал в Дхарамсале учения иностранцам. Под его руководством в монастыре была построена библиотека. Лама стал основным спонсором строительства ретритного центра для интенсивной практики шести йог Калачакры. С тех пор монахи непрерывно выполняют стадию завершения тантры Калачакры, сменяя друг друга группами по десять человек.
В 2003 году глава школы Джонанг, Халха Джецун Дамба Богдо-геген Ринпоче IX, уполномочил Ламу Йонтена Гиалтсо передавать обширное учение традиции Джонанг в России и других странах. С тех пор Лама Йонтен Гиалтсо большую часть времени находится в России, где делится знаниями и опытом со своими учениками.
Под руководством Ламы Йонтена Гиалтсо в 2009 году в Москве открылся Дхарма-центр традиции Джонанг, который в 2016 году был зарегистрирован как Местная религиозная организация «Буддистский центр „Калачакра“», где ученики осваивают предварительные практики (нендро) традиции Калачакры, практики пхова (перенос сознания в чистую землю), шаматха (однонаправленная концентрация) и випашьяна (глубинное видение), получают устные наставления, передачу мантр и комментарии по выполнению практик.
С благословения Ламы функционируют дхарма-центры и группы практикующих в таких городах России, как Москва, Санкт-Петербург, Казань (Республика Татарстан), Симферополь (Республика Крым) и Севастополь, а также в Кишиневе (Республика Молдова) и Минске (Республика Беларусь).
В апреле 2020 года с благословения Учителя началось строительство ретритного центра Нгедон Чокор Линг в Крыму.