Он родился преждевременно, весом всего 2,2 кг, или 4,8 фунта, с врожденным дефектом, из-за которого суставы его рук срослись. Его руки срослись с запястьями и были постоянно скрючены, а это означало, что ему приходилось двигать всем предплечьем, чтобы вращать руку.
Из-за того, что его родители были постоянно заняты, Миядзаки в основном воспитывал дед и умственно неполноценный человек, которого семья наняла в качестве няни.
В младшие школьные годы он был тихим и застенчивым учеником, которого сверстники подвергли остракизму из-за его уродства. Травля заставила его развить навязчивую любовь к аниме и манге. Трудно было найти кого-то, кто мог бы считаться другом Миядзаки. Одноклассники называли его «Смешные руки». Эти насмешки стали одним из психических шрамов, которые побудили Миядзаки позже стать убийцей.
Цутому был одним из лучших учеников в младшей и средней школе. Несмотря на свою отстраненность от других, он был умным мальчиком и первым из младших классов средней школы сдал вступительные экзамены в элитную среднюю школу.
В старшей школе его успеваемость стала падать. Вместо занятий он предпочитал сидеть в одиночестве и рисовать комиксы, что в конечном итоге привело к тому, что он не был зачислен в Университет Мэйдзи (частный и престижный университет в Токио), к которому принадлежала его элитная старшая школа.
Непутёвый Цутому поступил в колледж и начал учиться на фототехника, оставив позади свои намерения стать учителем английского. В колледже странности юноши только усилились. У него развился комплекс неполноценности из-за размера пениса и неспособности общаться с девушками. «Его пенис не толще карандаша и не длиннее зубочистки», – заметил однажды одноклассник.