В XVI веке начинается постепенное освоение португальцами американских земель. Однако свои претензии на открытые земли предъявила Франция. Французские корабли стали появляться на бразильском побережье.
В 1530 году знатный португальский дворянин Мартин-Афонсу де Соуза (умер 1571), друг детства и советник короля Жоао III, был назначен главным капитаном флота и новых земель. Он должен был окончательно закрепить власть Португальского короля в «Новом свете» и покончить с претензиями Франции.
3 декабря 1530 года с моряками и 400 колонистами, скотом, семенами, чёрными невольниками Мартин-Афонсу де Соуза отплыл в Америку.
В конце апреля 1531 года эскадра де Соуза прибыла в бухту Рио де Жанейро, которую индейцы называли Гуанабара. Там был отстроен форт. После были основаны другие поселения. Началось освоение внутренних территорий страны.
С острова Мадейра Мартином Афонсу в 1532 году был завезён тростник, надолго ставший основной сельскохозяйственной культурой. В капитанстве Сан Висенти, контролируемом Мартином-Афонсу де Соуза, было открыто первое предприятие по переработки сахарного тростника. Вскоре сахарный тростник уже возделывали в трёх капитанствах – Сан-Висенте, Пернамбуко, Байя. Кроме сахарного тростника в Бразилии стали выращивать табак и хлопок. В колонию, для работы на плантациях начали завозить чёрных рабов с Африканского континента.
Кроме древесины бразила, в Португалию стали вывозить сахар, патоку, водку. Стало развиваться хозяйство, что привлекло в Новый Свет новых колонистов.
Со светской властью прибыли священники. В 1552 году была учреждена епископская кафедра, первым епископом стал дон Педро-Фернандес Сардинья. Со временем присутствие церкви, как и её власть в новом континенте только усиливалась. Священники активно занялись миссионерством среди местного населения. Не оставляли без своего покровительство церковники и прибывавших в Бразилию из Африки чёрных рабов. С XVIII века вообще было запрещено ввозить в колонию некрещёных рабов. Чтобы доказать факт крещения на груди каждого раба выжигали крест.
В 1526 году у берегов Бразилии впервые появился английский корабль. В условиях жёсткой конкуренции с французами и англичанами, португальское правительство, боясь потерять Бразилию, ускорило колонизацию новых земель, привлекая новых колонистов раздачей земельных владений и привилегий.
В 1534 году король разделил страну на 12 провинций – капитанств, представлявших наследственные феодальные владения донатарии. Владельцы донатариев пользовавшиеся в своих владениях неограниченной властью.
Капитания Сан-Висенти протяжённостью 100 лиг была выделена Мартину-Афонсу де Соуза. Большие владения были пожалованы и его младшему брату.
Капитаны-донаторы были наместниками короля, располагали собственными финансами и войсками, получали огромные выгоды от своих владений и привилегий. Капитания была неотделяемым владением старшего в роде донатора и не делилась между другими наследниками. Первыми наследниками считались потомки донаторов по мужской линии, в случае пресечения рода, капитанство переходило к женской линии рода, после к незаконнорожденным отпрыскам, если они были зачаты не от случайной связи. Капитан сам мог назначать наследника, кроме незаконного потомства, если не было прямых наследников. Если это условие нарушалось, то донатор лишался владений. Капитаны были обязаны предоставлять всем желающим колонистам в аренду участки земли.
С этого времени в Бразилии стали образовываться крупные земельные поместья – фазенды.
В 1549 году в колонию был назначен генерал-губернатор Томе де Соуза (1503 – 1579). Так Бразилия была включена в сферу централизованного государственного управления. С губернатором прибыли другие представители колониальной администрации: главный казначей Антонио Кардазу, главный судья Педро Боржис, начальник охраны побережья Педро де Гоис да Сильвейра, с 200 солдатами, 700 поселенцами, среди которых были ссыльные и искавшие приключений и выгод португальские дворяне – фидалго.