Территория Устюженского района является одной из самых заболоченных в области. Но местные жители этому факту даже рады – по сезону на болотах собирают огромное количество клюквы.
Среди лесов преобладают сосновые боры, чистые и сухие, где произрастает множество грибов, особенно боровиков и лисичек.
В черте города протекают три реки: Молога и два ее притока – Ижина и Ворожа. Молога – довольно крупная река по меркам провинциального города, на ее берегу располагаются городские пляжи, оборудованные кабинками для переодевания. Вода в Мологе, как и во всех реках с проточной водой, довольно прохладная, но чистая. В среднем в летние месяцы температура воды варьируется от 13 до 17 градусов. До своего максимума вода прогревается к августу.
Промышленных предприятий в Устюжне нет, соответственно, экологическая обстановка довольно благоприятная. Сосновые боры обеспечивают свежий воздух, в чистой воде Мологи водится множество видов рыб, в том числе стерлядь. Мальков этих осетровых выпустили в реку в 2017 году в количестве почти 90 тыс. штук.
Стерлядь подрастает, ловить ее пока, конечно же, запрещено.