Сборник «Русские Курилы» состоит из предисловия, восьми разделов и приложения.
Предисловие включает собственно Предисловие авторов-составителей к третьему изданию «Русских Курил», в котором рассматривается история территориального размежевания между Россией и Японией и основные этапы формирования русско-японской и советско-японской границы, а также Предисловие глав законодательной и исполнительной власти Сахалинской области.
Документы, включенные в сборник, сгруппированы в разделы по временному принципу, соответствующему определенному историческому периоду, составляющему отдельный (самостоятельный) этап в развитии «территориально-пограничных отношений» с Японией.
Каждый раздел начинается с Введения, в котором дается характеристика включенных в него документов и перечисляются основные из них, а также необходимые дополнительные оценки и комментарии.
Каждый документ имеет номер, название, время (дату) составления, издания или опубликования, а также ссылку на источник публикации.
Для удобства в Содержании после порядкового номера документа в скобках приводятся также номер этого документа по предыдущему изданию 2002 г. Отсутствие номера в скобах означает, что данный документ включен в сборник впервые.
Наиболее важные места в тексте документов, на которые следует обращать особое внимание, выделены шрифтами.
В документах сохранены язык и стиль оригиналов, орфография приводится современная.
В Приложении приводятся обращения и заявления общественности страны, а также региональных органов власти (Сахалинской области) по проблеме южных Курил за 1991–2014 гг.
Третье издание «Русских Курил» дополнено документами и материалами за 2002–2014 гг., а также новыми документами предыдущего периода, которые были обнаружены или выявлены за время, прошедшее после 2002 г.