Прага раскинулась вдоль обоих берегов реки Влтавы. Протяженность реки в черте города – 29,8 км, средняя глубина – 2,75 м, максимальная – 10,5 м. В нее на территории Праги впадает одна река (Бероунка, левый приток), 5 ручьев на левом берегу и 4 – на правом. Город расположен на нескольких холмах. На Влтаве 9 островов.
Климат Праги – мягкий умеренно континентальный, зимы относительно мягкие, малоснежные, лето обычно дождливое и теплое. Весна приходит с марта, а осень оканчивается в начале декабря. Средняя температура воздуха в январе составляет −1,4 °C, в июле +18,2 °C. Суммарное среднее годовое количество осадков составляет около 500 мм, самые дождливые месяцы – с мая по август, самые сухие – январь и февраль. Город богат зелеными насаждениями, они составляют чуть менее половины территории города.