Тяжело было Строеву видеть дорогое дело в чужом распоряжении; поэтому он скоро выходит из комиссии, поселяется в Москве, но невольно сохраняет с членами комиссии живые сношения. На первых порах комиссия много зависела от него в своей научной деятельности; для нее он продолжает работать и до конца жизни, разрабатывая московские архивы. Здесь под его руководством начинают свои труды всем известные И. Е. Забелин и Н. В. Кялачев. В то же время Строев продолжал трудиться и для Общества истории и древностей, описывая, между прочим, библиотеку Общества. Скончался он 5 января 1876 г., восьмидесяти лет.