После подавления выступления стрельцов царевна Софья с братом Иваном возвратились в Кремль. Наталья Кирилловна с детьми поселяются во дворце в царском селе Преображенском. Живут они на средства, выделяемые царевной Софьей. Тайком Наталья Кирилловна получала помощь от патриарха, Ростовского митрополита и Троицкого монастыря. Конечно, этих средств не хватало для царской жизни. Во дворце царила тягостная тишина. Придворные, отстраненные от трона, ходили с печальными лицами, высказывали горькие, злобные речи в адрес правительницы и ее сторонников. В такой обстановке, конечно же, мало кто мог думать о продолжении обучения мальчика. Между тем, начальные знания Петра необходимо было закрепить и развить. Мы уже говорили, что он хорошо усвоил азы грамотности: чтение и письмо. Предстояло продолжать, как это делали его старшие сестры и братья, изучать новые предметы: грамматику, пиитику, риторику, диалектику и философию, латинскую и греческую грамоту и, вероятно, польский язык. Но события 1682 года все перевернули в жизни Петра. Киевские ученые-монахи, которые жили в Москве и могли дать ему знания по этим предметам, состояли в дружбе с царевной Софьей, поэтому царица Наталья не допускала их к Петру и не учила его. Сестра Софья, в свою очередь, не имела желания заботиться об образовании нелюбимого брата. Десятилетний Петр практически был предоставлен сам себе. Скука, которую испытывал любознательный мальчик в Преображенском дворце, вывела его на просторы села Преображенского. По определению историка В. О. Ключевского, «никем не руководимый, он начал здесь продолжительную игру; какую сам себе устроил и которая стала для него школой самообразования, а играл он в то, во что играют все наблюдательные дети в мире, в то, о чем думают и говорят взрослые. (О военном деле.)»