В XVI–XVII вв. главным центральным учреждением России, отвечавшим за организацию и осуществление борьбы с преступностью, был Разбойный приказ, в его подчинении находилась большая часть тюрем государства, в том числе так называемые Московские большие тюрьмы. Еще с начала третьей четверти XVI в. известно о существовании тюрем Разбойного приказа в Москве, охранявшихся посадскими людьми, сторожившими их поочередно. Кроме того, в самом здании приказов, возведенном в конце XVI в. в Кремле, находились особые помещения («черные палаты») для содержания подследственных. Однако в них пребывало меньше узников, чем на тюремном дворе.
Статус тюрем Разбойного приказа середины XVII века был четко определен в Соборном уложении. Места заключения, находившиеся в Москве, строились и обеспечивались на казенные средства, а провинциальные тюрьмы содержались за счет местного населения. Что же до Московских больших тюрем, то уточнить их правовое положение позволяет неизвестный ранее указ Михаила Федоровича 1644 года о запрещении сажать в московские тюрьмы по некоторым из видов преступлений, а также о необходимости разрешения судей Разбойного приказа для заключения под стражу и освобождении из московских тюрем на поруки или отдаче под надзор приставов тех колодников, которые находятся в тюрьме с нарушением данного указа.
Достоверно известно, что по меньшей мере с конца XVI в. до начала XVIII в. Московские большие тюрьмы располагались на территории Китай-города, в северо-восточной части Зарядья, неподалеку от Варварских ворот и занимали площадь 821,5 квадратных саженей (более 3700 м2). Что касается численности узников, то наиболее точные данные имеются для середины XVII в. Так, 13 апреля 1655 г. в тюрьме (имеются в виду Московские большие тюрьмы) и на Бархатном дворе, судя по всему, относившемся к приказу Новой четверти, находились 541 человек, включая пленных поляков и женщин с детьми, а на следующий день к ним прибавилось еще 29 человек, присланных на тюремный двор. Из них 377 человек сидели на тюремном дворе, включавшем в себя мужскую и женскую тюрьмы, и 193 – на Бархатном дворе.
Интересные сведения о внутреннем устройстве и численности узников Московских больших тюрем содержатся в расходной записке о раздаче денег от имени Алексея Михайловича заключенным в рождественский сочельник 24 декабря 1664 г. На территории тюрьмы имелось 8 изб, где содержались колодники: опальная (98 человек), барышкина (98 человек), заводная (120 человек), холопья (68 человек), сибирка (79 человек), разбойная (160 человек), татарка (87 человек), женская (27 человек). Всего же жалование получили 737 заключенных, из которых 98 человек получили по рублю, а 647 – по 50 копеек.
Как ясно из названий изб на тюремном дворе, в них могли содержаться заключенные с разными правонарушениями: беглые холопы (холопья), разбойники (разбойная), преступники, возможно связанные с торговлей лошадьми (барышкина), лица, совершившие административные правонарушения или попавшие в опалу (опальная), а также главари разбойных и воровских шаек или зачинщики других преступлений (заводная). Отдельные избы были для женщин, татар, жителей Сибири или тех, кто, вероятно, был прислан из Сибирского приказа.