Дед Михаила Афанасьевича, Иван Авраамиевич (1830–1894), был сельским священником. Афанасий Иванович, его сын, предпочел карьеру ученого-богослова: сначала обучался в Орловском духовном училище (до 1876 г.), затем в Орловской духовной семинарии (до 1881 г.), а в 1881–1885 гг. в Киевской духовной академии на церковно-историческом отделении. Степень кандидата богословия позволила ему преподавать, параллельно изучая западные вероисповедания. Афанасий Иванович имел чин статского советника. В 1885–1887 гг. он преподавал греческий язык в Новочеркасском духовном училище, а после, защитив диссертацию «Очерки истории методизма», получил степень магистра и стал доцентом Киевской духовной академии, где два года спустя уже заведовал кафедрой.
Примерно в это же время доцент Афанасий Булгаков женился. Варвара Михайловна Покровская (1869–1922) также происходила из семьи священнослужителя и до замужества два года преподавала в прогимназии.
Казалось бы, какое отношение имеют биографии родителей к творчеству сына? Как увидим далее, самое прямое. Штудии отца будущего писателя в области католичества отозвались много позже в романе Михаила Булгакова «Мастер и Маргарита», а девичья фамилия его бабушки по матери, Анфисы Ивановны Турбиной, – в заглавии пьесы «Дни Турбиных». Большая семья Турбиных заставляет вспомнить о семье Булгаковых, в которой было семеро детей.
Первенец Афанасия Ивановича и Варвары Михайловны, Михаил, появился на свет 15 мая (по старому стилю; 3 мая – по новому) 1891 г. в Киеве. Три дня спустя его крестили.
Семья год от году увеличивалась. Ни отец, ни мать не были деспотичны, не настаивали на духовной карьере детей, давали им добротное светское образование, хотя в основе, конечно, лежало православное вероисповедание. Отцу Михаил Булгаков был особенно благодарен за то, что тот заставил его выучить латынь, французский, немецкий, английский и греческий языки, к которым следует прибавить знакомый мальчику с детства украинский, а также итальянский язык, которым он занимался в 1930-е гг. Семья была дружной. В гостеприимном доме устраивались многолюдные праздники, в том числе детские; летом, на даче, царили веселье и радость. Ранние годы писатель всегда вспоминал как пору безоблачную и беззаботную.
Ранней осенью 1900 г. Миша поступил в приготовительный класс Второй киевской гимназии, а год спустя – в 1-й класс Первой киевской мужской Александровской гимназии. Это была гимназия «особого устава», в 1811 г. по указу императора Александра I приравненная к высшим учебным заведениям Российской империи. Здесь в разное время обучались шекспировед Н. И. Стороженко, скульптор П. П. Забелло, художник Н. Н. Ге.
В 1907 г., незадолго до ухода из жизни отца (его болезнь передалась Михаилу Афанасьевичу по наследству), Булгаковы переехали по адресу: Андреевский спуск, дом № 13, квартира № 2. Не случайно, что впоследствии именно там по замыслу автора происходит действие романа «Белая гвардия» и основанной на материале романа пьесы «Дни Турбиных» и, что также не случайно, именно там сейчас располагается музей Булгакова, одна из достопримечательностей Киева.