Трудности, связанные с выращиванием лилий, можно разделить на три основные группы: 1) нарушения, вызванные патогенами; 2) поражения растений вредителями и 3) проблемы, вызванные воздействием экстремальных условий. Первую группу проблем обычно делят на три части: грибные болезни, бактериальные болезни и вирусные инфекции.