Примирить эти многочисленные противоречия может только распространенная среди искусствоведов версия о том, что картина на самом деле была не одна. В инвентарных листах, оставшихся от великого мастера, сохранились указания о двух «Джокондах». Паоло Ломаццо, художник и писатель XVI в., в своём трёхтомном трактате о живописи, скульптуре и архитектуре (1584 г.) утверждает, что Леонардо да Винчи сделал два различных портрета Моны Лизы и написал её в образе Флоры: «Таковы общие и частные указания о создании портретов… Среди них следует обратить внимание на портреты Леонардо: украшенный в виде Весны, как портрет Джоконды, и Моны Лизы, в которых он замечательно изобразил, между прочим, улыбающийся рот». Ломаццо считает портрет Моны Лизы совершенным образцом этого рода искусства и говорит, что он «служит доказательством превосходства человеческого искусства над творчеством природы». На достоверность слов этого историка искусства указывает то, что сведения он получил от Франческо Мельци, любимого ученика и наследника Леонардо, которому по завещанию достались книги и рисунки мастера.
Биограф Леонардо Джорджио Вазари тоже встречался с Франческо Мельци – в 1566 году, перед вторым изданием своей книги «Жизнеописания наиболее знаменитых живописцев, ваятелей и зодчих». Среди прочих сведений о жизни великого художника он узнал от Мельци, что портрет, с которым мастер никогда не расставался и который всю жизнь возил с собой, он называл «Джиокондо», что значит «весёлая, играющая», так же стали называть его и ученики. Благодаря Франческо Мельци Вазари внёс во второе издание своего труда изменения, касающиеся последних дней жизни Леонардо, а вот история создания портрета Моны Лизы затронута не была, что говорит о её правдивости.
Франческо Мельци «Флора (Коломбина)». 1510–1515. Эрмитаж
Мельци в переписке, описывая одну из картин своего учителя, говорит о юной, невероятно красивой девушке с цветком коломбины (водосбора) в руках, при этом называет её Джокондой. Подходящая под это описание работа кисти самого Франческо Мельци «Флора (Коломбина). 1510–1515 гг.» выставлена сейчас в Эрмитаже. Хотя картина пострадала при перенесении красочного слоя с доски на полотно, обаяние её необыкновенно и наводит на мысль о более маститом авторе.
В начале 60-х годов известный советский искусствовед М.А. Гуковский высказал предположение, что подлинный портрет Моны Лизы – это как раз-таки «Коломбина», которую приписывают Франческо Мельци. Конечно, эта версия неправдоподобна хотя бы только потому, что грудь модели обнажена, в то время на заказных портретах не могло быть такой детали, да и писали их по строго определённым стандартам. Однако очень вероятно, что Леонардо использовал облик Лизы Герардини для создания картины на весьма популярный в то время сюжет о богине весны и юности. До нас дошло ещё два варианта этой «Флоры» (находятся в частных коллекциях в Англии), но полотно Франческо Мельци самое мастерское. В нём явно чувствуется рука его великого учителя.
В 1651 году французский исследователь дю Френ в предисловии к леонардовскому «Трактату о живописи» писал: «Не следует опускать и Флору, написанную с удивительной прелестью и имеющую действительно божественный облик, которая хранится в Париже и находится в руках частного лица». Эрмитажная «Флора» была приобретена в 1850 году при распродаже собрания нидерландского короля Вильгельма II, в каталоге значилось: «Винчи (Леонардо да), высота 75, длина 58. Дерево… Эта драгоценная картина… отличается большой красотой». Никаких сомнений относительно автора «Коломбины» у смотрителя картинной галереи Эрмитажа Ф. Бруни и других специалистов не было, они возникли позднее под влиянием заключения немецкого эксперта. В итоге «Флору» стали относить к кисти Франческо Мельци.
Современная искусствоведческая экспертиза не подтвердила полного авторства Леонардо да Винчи, но присутствие здесь его руки доказано научно. Скорее всего, ученик помогал мастеру и заканчивал картину, ведь известно, что в последние годы жизни Леонардо, когда самому ему уже трудно было подолгу рисовать, Ф. Мельци дописывал многие его работы. Этому есть убедительное свидетельство. В 1517 году кардинал Луиджи д̕ Арагона посетил Леонардо в его французской мастерской. Описание этого визита было сделано секретарём кардинала Антонио де Беатисом: «10 октября 1517 года монсиньор и иже с ним посетили мессира Леонардо да Винчи – самого превосходного художника нашего времени. Он показал его превосходительству три картины, …все в высшей степени прекрасные. От самого мастера, в связи с тем, что у него в то время была парализована правая рука, уже нельзя было ожидать новых хороших работ. Его миланский ученик писал под руководством Леонардо так хорошо, что его работу нельзя было отличить от кисти великого учителя». Леонардо гордился мастерством своего ученика и вместе с ним создал несколько полотен. Так что можно быть вполне уверенными, что Паоло Ломаццо, говоря в своём трактате о Джоконде, написанной да Винчи в образе Весны, имел в виду именно «Коломбину» из Эрмитажа.