С падением Штауфенов (1268) фактически пришел конец универсальной императорской власти на Западе. Центробежные силы мешали Германии стать национальным государством – процесс, который в то время в других странах Западной Европы уже начался. Здесь коренятся причины того, что немцы стали «запоздалой нацией».
С Рудольфом I (1273-1291) впервые на трон взошел представитель Габсбургов. Материальные основы императорской власти теперь уже были не утраченные имперские, а «родовые владения» соответствующей династии. И политика царствующего дома стала главным делом любого императора.
Золотая Булла Карла IV от 1356 года, своего рода Основной закон империи, признала за семью избранными князьями, курфюрстами, исключительное право избирать короля и предоставила им еще и иные привилегии по отношению к другим высокопоставленным особам. В то время как значение мелких графов, владетельных князей и рыцарей постепенно падало, города крепили свое влияние, опираясь на свою экономическую мощь. Объединение городов в союзы еще больше укрепляло их положение. Один из важнейших таких союзов, Ганза, стал ведущей властью на Балтике.
С 1438 г. корона, несмотря на то, что империя оставалась избирательной монархией, передавалась в роде Габсбургов практически по наследству, который получил к тому времени самую сильную территориальную власть. В 15 веке все больше выдвигаются требования к проведению имперских реформ. Максимилиан I (1493-1519), который первым принял титул императора без коронования папой римским, безуспешно пытался провести такую реформу. Созданные им или вновь введенные представительные учреждения – рейхстаг, имперские округа, Высший имперский суд хотя и сохранились до конца империи (1806), но не сумели сдержать ее дальнейшее раздробление. Сложился дуализм «императора и империи»: главе империи противостояли имперские сословия – курфюрсты, князья и города. Власть императоров ограничивалась и все больше выхолащивалась «капитуляциями», которые они заключали при их выборах с курфюрстами. Князья, а именно великие среди них, значительно расширяли свои права за счет имперской власти. И все же империя не распадалась: слава императорской короны еще не померкла, идея империи продолжала жить, а мелкие и средние территории имперский союз брал под свою защиту от нападений могущественных соседей.
Города становились центрами экономической власти. Этому способствовала прежде всего растущая торговля. В текстильной промышленности и горном деле появились формы хозяйствования, которые выходили за рамки цеховой организации труда ремесленников и, как и иногородняя торговля, имели признаки раннего капитализма. Одновременно происходили изменения в духовной сфере, носившие отпечаток Ренессанса и гуманизма. Вновь пробудившийся критический разум прежде всего был направлен против церковного засилья.
Накопившееся подспудно недовольство к церкви выплеснулось главным образом в 1517 г. после выступления Мартина Лютера, в период реформации, которая быстро получила широкое распространение. Реформация вышла за рамки религиозности. В движение пришла вся социальная структура. В 1522/23 гг. началось восстание имперского рыцарства, в 1525 году – Крестьянская война, первые крупные революционные движения в германской истории, которые объединили политические и социальные устремления. Оба восстания потерпели неудачу или были жестоко подавлены. Выгоду от этого получили только мелкие князья. После изменчивой борьбы по Аугсбургскому религиозному миру 1555 г. они получили право определять религию своих подданных. Протестантское вероисповедование стало равноправным с католическим. Тем самым завершился религиозный раскол Германии. На императорском престоле в период Реформации восседал Карл V (1519-1556), который по наследству стал властителем крупнейшей в мире империи со времен Карла Великого. Он был слишком занят отстаиванием своих интересов в мировой политике и потому не смог проявить себя в Германии. После его отречения от престола был осуществлен раздел мировой империи. Из германских территориальных и западноевропейских национальных государств возникла новая система европейских государств.
В период Аугсбургского религиозного мира Германия на четыре пятых была протестантской. Но религиозная борьба еще не закончилась. В последующие десятилетия католическая церковь вновь сумела отвоевать многие области (антиреформация). Обострилась непримиримость верований. Были созданы религиозные партии, протестантская уния (1608) и католическая лига (1609). Местный конфликт в Богемии послужил поводом для Тридцатилетней войны, которая стечением лет превратилась в общеевропейскую, где сталкивались и политические, и конфессиональные противоречия. При этом в период между 1618 и 1648 годами обширные части Германии были опустошены и обезлюдели. По Вестфальскому миру
1648 года Франция и Швеция отторгли от Германии ряд территорий. Он подтвердил выход Швейцарии и Голландии из имперского союза. Имперским сословиям он предоставлял все основные суверенные права в духовных и мирских делах и позволял им заключать союзы с иностранными партнерами.