Весь второй том «Истории запорожских казаков» написан при самых неблагоприятных условиях: автор труда находился вдали от столицы больше чем на пять тысяч верст. Живя то в Ташкенте, то в Самарканде, автор испытывал нередко такое затруднение, о котором ученый Европейской России и самого слабого представления не может иметь: какая-нибудь ничтожнейшая справка, стоящая в столице двадцать минут, в Туркестанском крае стоит два месяца. К этому надо прибавить полное отсутствие в крае людей, интересующихся историей вообще и историей Южной России в частности: ни спросить совета, ни поделиться мыслями, ни выслушать дельного замечания – ничего того нельзя было найти ни в Ташкенте, ни в Самарканде. Оттого написать «Историю запорожских казаков» в Туркестанском крае было почти такой же задачей, как переплыть в первобытной лодке Каспийское море. Независимо от расстояния немалую трудность составляла при написании «Истории» новизна самого дела: от начала запорожского казачества до первой половины XVIII столетия история низовых казаков представляла собой настоящую terra incognita, или непочатое поле, если не считать отдельных, и то весьма немногих, статей по отдельным и опять-таки весьма немногим вопросам. Поэтому возможно, что многие найдут немало пробелов в настоящем труде автора; но автор, свято уважая мнение всякого человека, нисколько не будет смущен указанием на все недостатки «Истории». В основание второго тома положены главным образом подлинные письма исторических лиц и современные событиям акты. После писем и актов брались во внимание летописцы, малороссийские и польские, а потом – исследователи настоящего и прошлого столетия. Автор избегал давать обобщения событиям и давал их лишь в такой мере, сколько позволяли делать то самые материалы. Весь второй том заключает в себе пространство времени от 1471 до 1686 год и может быть разделен на три периода: период образования запорожского казачества с 1471 по 1583 год; период борьбы против Польши за религиозно-национальную независимость Южной Руси с 1583 по 1657 год; период участия в борьбе за религиозно-национальную независимость Правобережной Украины против Польши, Крыма и Турции с 1657 по 1686 год.