Государственный строй. Единственной формой правления утверждалась монархия, при этом статус монарха меняется. Иван IV провозгласил себя царем, что отражает действительное возрастание силы монарха.
Значение Боярской думы изменилось, имея общую тенденцию к снижению. Тем не менее Боярская дума ограничивала монарха, даже введение опричнины принципиально ничего не изменило. Опричнина не уничтожила значения Боярской думы как высшего органа государственной власти, не пошатнула принципа местничества, ограждавшего привилегии знати. После смерти Бориса Годунова роль Боярской думы на время возросла. В 1610 г. последовало свержение с престола царя Василия Шуйского, и вся власть временно перешла к Боярской думе («Семибоярщина»). Принципиально новым высшим органом государства стали земские соборы. Через них царь привлек к управлению государством определенные круги дворянства и посадского населения. Монарх нуждался в земских соборах для поддержания крупных мероприятий – ведения войны, изыскания новых доходов и пр. Цари, руководствуясь поддержкой земских соборов, могли через них проводить соответствующую политику даже поперек воли Боярской думы.
Приказная система. В середине XVI в. завершился переход от дворцово-вотчинной к приказной системе управления. В период становления приказной системы ведущая роль принадлежала военно-административным приказам. Так, для управления стрельцами , был создан специальный приказ. Личным составомбоярской и дворянской конницы ведал Разрядный приказ. Поместными земельными владениями служилых дворян ведал Поместный приказ. Возник также Казачий приказ, который ведал казачьими войсками.
Появились специальные территориальные приказы, ведавшие делами территорий, которые были присоединены к России или осваивались. К ним относились Казанский и Сибирский приказы, а в дальнейшем – Малороссийский приказ, ведавший делами Украины.
Из комиссии Боярской думы по разбойным делам сформировался Разбойный приказ, который разрабатывал для местных органов наказы по вопросам борьбы с общеуголовными преступлениями.
Обслуживанием личных потребностей царя ведали специальные дворцовые приказы. К ним относились: приказ Большого дворца, Конюшенный, Ловчий и Сокольничий приказы, Постельничий и др.
Дворяне и дети боярские при Иване IV получили привилегию обращаться к суду самого царя, в связи с этим образовался Челобитный приказ.
В конце XVII в. создалась система судебных приказов (Московский, Владимирский, Дмитровский, Казанский), которые выполняли функции высших судебных органов. Затем все эти приказы слились в единый Судный приказ.
Большое значение имел Посольский приказ, ведавший многообразными внешнеполитическими вопросами.
Во второй половине XVI в. создается специальное центральное учреждение, ведавшее делами о холопах. Главная обязанность Холопьего приказа заключалась в регистрации кабальных записей в особых книгах, он также рассматривал иски по делам о беглых холопах.