На основе современного законодательства проведено сравнительное исследование административно-правового статуса министра Министерства Российской Федерации по развитию Дальнего Востока – полномочного представителя Президента Российской Федерации в Дальневосточном федеральном округе и заместителя Председателя Правительства Российской Федерации – полномочного представителя Президента Российской Федерации в Северо-Кавказском федеральном округе. Выявлены основные тенденции в развитии института полномочных представителей Президента Российской Федерации в федеральных округах и высказаны опасения в случае его трансформации в институт полномочных представителей Правительства Российской Федерации в федеральных округах.