Еще не закончилась Русско-японская война, а поражение в Цусимском проливе уже заставило правительственные круги обратиться к проблемам преобразования военного и морского ведомств[91]. Прежде всего, 8 июня 1905 г. был создан Совет государственной обороны (СГО), который должен был координировать деятельность армии и флота. Его возглавил двоюродный дядя Николая II великий князь Николай Николаевич Младший (1856-1929), под председательством которого еще с 5 мая 1905 г. разрабатывалось положение о СГО. Далее было предложено упразднить должность Главного начальника флота и морского ведомства и управляющего Морским министерством, а вместо них восстановить должность морского министра. Уже 26 марта 1905 г. пост управляющего Морским министерством покинул адмирал Федор Карлович Авелан (1839-1916), возглавлявший ведомство с 1903 г. и получивший чин полного адмирала меньше чем за месяц до Цусимской катастрофы. После того как вице-адмирал Иван Михайлович Диков (1833-1914) три месяца исполнял обязанности управляющего, морским министром был назначен вице-адмирал Алексей Алексеевич Бирилев (1844-1914).
Взвешенная оценка А. А. Бирилева как государственного и военно-морского деятеля довольно непростое дело. Плавал он сравнительно мало, за первые 25 лет службы в офицерских чинах он находился в море по цензовому счету всего 4 года. Для сравнения, Роберт Николаевич Вирен, который в начале войны с Японией командовал крейсером 1 ранга «Баян», а после боя в Желтом море возглавил остатки 1-й Тихоокеанской эскадры, запертые в Порт-Артуре, за 17 лет после выпуска из Морского корпуса 10 лет провел на палубе корабля. Зато иностранные награды сыпались на А. А. Бирилева как из рога изобилия: он был удостоен 16 иностранных орденов, в том числе и таких экзотических наград, как Орден креста животворящего древа, полученный от иерусалимского патриарха в 1901 г. При этом у А. А. Бирилева был довольно большой командно-административный опыт: с 1897 г. он командовал отрядами и эскадрами, был старшим флагманом Балтийского флота, после отъезда Степана Осиповича Макарова в Порт-Артур принял пост главного командира Кронштадтского порта, фактически став высшим морским начальником на Балтике. По словам офицера царского флота и советского контр-адмирала, известного мемуариста В.А. Белли, «А.А. Бирилев, конечно, не был способен вывести флот и Морское министерство из того упадка, в который их привели в доцусимский период. Но в этот момент на горизонте еще не было фигуры, способной осуществить решительные реформы»[92]. Мемуарист отмечал как самодурство А.А. Бирилева, так и его определенный демократизм, – тот, уже будучи морским министром, запросто разговаривал с гардемаринами Морского корпуса и даже интересовался их мнением по вопросам обучения, к чему «мы никак приучены не были и реагировали … скорее положительно»[93].
Пост главного начальника флота и морского ведомства, который с 1881 г. занимал великий князь Алексей Александрович, не был упразднен до его смерти, но само назначение морского министра свидетельствовало о косвенном признании недостатков системы великокняжеского управления флотом. В рескрипте царя на имя нового морского министра от 29 июня 1905 г. указывалось, что основной задачей флота является обеспечение морской обороны побережья Балтийского моря и улучшение подготовки личного состава путем введения баллотировки офицеров при производстве в чин, улучшения военно-морского образования, судостроения, и предоставления командующим флотами в Балтийском и Черном морях большей самостоятельности[94].
19 октября 1905 г. произошло серьезное изменение в положении морского ведомства среди других центральных учреждений Российской империи. Через два дня после издания знаменитого Манифеста 17 октября 1905 г. с обещанием гражданских и политических свобод, был реорганизован Совет Министров, который стал правительством страны в юридическом смысле этого слова. Теперь появились возможности усиления контроля со стороны гражданской власти над Военным и Морским министерствами, в особенности в установлении подобного контроля были заинтересованы Министерство финансов и Государственный контроль. Кое-кому в те дни казалось, что вскоре в России появится ответственное парламентское правительство, в котором посты военного и морского министра займут штатские политики, объединенные общими политическими взглядами со своими коллегами по кабинету. Однако «Основные государственные законы», опубликованные 24 апреля 1906 г., развеяли эти надежды. Совет министров назначался царем, а четыре министерства (Военное, Морское, Иностранных дел и Императорского двора) занимали особое положение, пользуясь своеобразной «автономией» по отношению к правительству. Подобная «автономия» соответствовала всему духу «конституции» 1906 г. Вопросы, связанные с армией и флотом, подлежали обсуждению в кабинете лишь по повелению царя, по желанию соответствующих министров или в том случае, когда они затрагивали интересы других ведомств. Конечно, была исключена возможность назначения на посты военного и морского министров непрофессионалов.
Первым практическим мероприятием по реорганизации морского ведомства было введение поста товарища морского министра. После фактического отхода от дел и отъезда в Париж великого князя Алексея Александровича необходимость приведения статуса морского министра в соответствие с принятым для глав других центральных учреждений стала очевидной. 17 января 1906 г. именным высочайшим указом Правительствующему Сенату была введена должность товарища морского министра[95]. По приказу А. А. Бирилева от 14 апреля 1906 г. на его товарища возлагалось «ближайшее» руководство ГУКИС, МТК, ГГУ, УГМИФ, Канцелярией министерства, правлениями Обуховского сталелитейного и Балтийского механического заводов, Управлением сберегательно-вспомогательной кассой рабочих и вольнонаемных служащих морского ведомства и Архивом Морского министерства[96]. Позднее, когда из ГМШ был выделен МГШ, он также вошел в прямое подчинение министра. Николай II одобрил назначение на этот пост контр-адмирала Н.А. Римского-Корсакова, но произошло само назначение только 7 июня 1906 г., а почти полгода до этого пост оставался вакантным. Однако на данном этапе министру не были предоставлены права главного начальника флота и морского ведомства и сохранялась возможность назначения на этот пост кого-либо из великих князей. Вероятным претендентом был, прежде всего, великий князь Александр Михайлович, имевший чин контр-адмирала. Следующим по старшинству «августейшим» моряком был великий князь Кирилл Владимирович, тогда капитан 2 ранга. Прецедент прижизненного отстранения от должности генерал-адмирала уже имел место: в 1881 г. Алексей Александрович занял этот пост при жизни предыдущего главного начальника флота и морского ведомства великого князя Константина Николаевича.