Непосредственно о COVID‐19
Новый коронавирус появился в китайском городе Ухань (Wuhan) 25 ноября 2019 года [1]. 11 февраля 2020 Международный комитет по таксономии вирусов дал ему официальное название SARS-CoV-2 (изначально его называли 2019-nCoV). По данным ВОЗ, вспышка связана с циркуляцией инфекции на рыбацком оптовом рынке Хуаньань в Ухане, где также продавались живые животные. Этот рынок был закрыт 1 января 2020 г.
Из числа возможных возбудителей болезни были исключены грипп, птичий грипп, SARS-CoV, MERS-CoV и другие. Симптомы заболевания у 41 заболевшего с подтвержденным заболеванием наступили в период с 8 декабря 2019 г. по 2 января 2020 г. [2]
Пандемия, несомненно, застала нас врасплох. Многие страны оказались неготовыми к эпидемии, другие же стали примером для остальных. В некоторых странах удалось сдержать вспышку (Тайвань, Япония), в других вирус распространился быстрее (Италия, Испания, Иран). Нанесен вред экономикe многих стран, здравоохранению и социальному благополучию населения.
Распространение вируса в начале эпидемии
Эпидемиология
По состоянию на 10:00 CET 28 апреля 2020 года в мире зафиксировано 2 954 222 подтверждённых случая COVID-19, погибли 202 597 человек. Из них в Италии 199414 случаев, 26977 погибших [3] (в т.ч. 152 медицинских работника [4]).
Ситуация в Европейском регионе 26 апреля
Количество погибших в Италии превысило количество погибших в Китае.
Ситуация в моём регионе (Marche) 26 апреля
Ситуация в других странах (официально по ВОЗ на 26 апреля): Украина 8617 заболевших, 209 погибших; Россия 74588 заболевших, 681 погибших; Китай 84338 заболевших, 4642 погибших; Корея 10728 заболевших, 242 погибших; Австралия 6703 заболевших, 81 погибших; Испания 219764 заболевших, 22524 погибших; Германия 154175 заболевших, 5640 погибших; Франция 122875 заболевших, 22580 погибших; Великобритания 148381 заболевших, 20319 погибших; Иран 89328 заболевших, 5650 погибших; США 899281 заболевших, 46204 погибших; Бразилия 52995 заболевших, 3670 погибших; Канада 44353 заболевших, 2350 погибших. Пандемия распространилась на более чем 190 стран; потребовалось более трех месяцев, чтобы достичь первых 100 000 подтверждённых случаев, и всего 12 дней, чтобы достичь следующих 100 000. 30 января Всемирная организация здравоохранения объявила эту вспышку чрезвычайной ситуацией в области общественного здравоохранения, имеющей международное значение. 11 марта 2020 г. ВОЗ определила вспышку как пандемию.
Во время SARS-CoV – более 8000 подтвержденных случаев и 800 случаев смерти по всему миру; во время MERS-CoV – 2494 подтвержденных случая и 858 случаев смерти. [98]
Что касается смертности по некоторым странам, то, по состоянию на 2 апреля, официальная статистика показала, что в Германии было зарегистрировано 872 случая смерти от COVID из 73522 подтвержденных случаев, что соответствует коэффициенту смертности 1,2% [108]; 11,9% в Италии, 9% в Испании, 8,6% в Нидерландах, 8% в Великобритании и 7,1% во Франции. [109]
Возможные причины низкой смертности в Германии: быстрое реагирование и принятие необходимых мер, массовое тестирование, отсутствие случаев передачи инфекции в домах престарелых или внутрибольничных вспышек. [110]
Ситуация в мире 26 апреля
COVID‐19 – зооноз [71] (т.е. резервуаром вируса являются животные). Источник инфекции – больной человек и реконвалесцент (человек, который выздоравливает), выделяющие вирус в окружающую среду при кашле и процедурах, сопровождающихся повышенным образованием аэрозолей (БАЛ, интубация, бронхоскопия и др.). В шестом руководстве по COVID-19 отмечалось, что бессимптомные пациенты могут служить источником инфекции.
Соотношение подтвержденных случаев по полу (М:Ж) составляет 1,03: 1. Для мужчин средний возраст составляет 52 года (IQR 37—65), а для женщин 50 лет (IQR 35—64). [5]
R0 (индекс репродукции, reproductive number) = 2—2,5 [38], по некоторым данным 5,7 [42]. Индекс репродукции – это количество здоровых человек, которым больной может передать вирус. R0 SARS-CoV-2 растет с увеличением числа подтвержденных случаев, и до настоящего времени он превысил R0 MERS (R0 = 0,6) и SARS (R0 = 1). [96]
Смертность: около 0,66% в Китае, 2,7% вне Китая [43] (для сравнения, при гриппе смертность обычно значительно ниже 0.1%). [38]
Стабильность при разных условиях окружающей среды (в экспериментальных условиях):
Температура: 4° С – выживаемость более 14 дней, 22° С – выживаемость от 7 до 14 дней, 70° С – выживаемость до 5 минут.
Выживание на поверхностях: бумага – до 3 часов, одежда и дерево – до 2 дней, сталь и пластик – до 7 дней, стекло – до 4 дней, банкноты – до 4 дней, внешняя поверхность маски – больше 7 дней. Вирус чувствителен к бытовому отбеливателю, этанолу (70%), хлоргексидину (0,05%) и т. д. [10]
Прирост новых случаев в мире по регионам
Этиология Структура и свойства
Новый вирус SARS-CoV-2 – это несегментированный РНК-содержащий (single-stranded, ssRNA) бетакоронавирус (относится к тому же семейству, что и MERS-CoV и SARS-CoV). Принадлежит к семейству Coronaviridae, подсемейству Orthocoronavirinae, род Betacoronavirus, подрод Sarbecoviridae. Размер вируса – 0,1 микрон.
На вирусной поверхности находятся гликопротеиновые «шипы» – спайки (S, spike), состоящие из двух субъединиц (S1 и S2). [6] S-гликопротеин SARS-CoV-2 связывается с рецепторами клеток-хозяев ангиотензин-превращающим ферментом 2 (ACE2), что является решающим для проникновения вируса. [7] Было обнаружено, что TMPRSS2 (трансмембранная протеаза серина 2) является кофактором для проникновения SARS-CoV-2 в здоровые клетки. Коронавирусы также имеют мембрану (M), нуклеокапсид (N) и белки envelope (E).
SARS-CoV-2 состоит как минимум из 11 ORF (Open Reading Frames) с полной длиной 29 903 bp. Его геном похож на SARS-CoV с порядком генов 5» -ORF1ab-S-E-M-N-3». [93]
SARS-CoV-2 считался генетически более стабильным, чем SARS-CoV и MERS-CoV. Однако в публикации от 12 марта сказано, что в геноме коронавируса SARS-CoV-2, который обнаружен у восьми госпитализированных пациентов в Сингапуре, зафиксирована делеция (потеря части генетического материала). [8]
Популяционный генетический анализ 103 геномов SARS-CoV-2 показал, что вирус эволюционировал в два основных типа (L и S). Тип L (∼70%) более распространен, чем тип S (∼30%). Тип S эволюционно старше и менее агрессивен. [9]
Другие коронавирусы, патогенные для человека: SARS-CoV, MERS-CoV, HCoV-HKU1, HCoV-NL63, HCoV-OC43 и HCoV-229E.
На Gis aid доступны данные более 3100 геномов SARS-CoV-2
Происхождение
В определенный момент вирус мутировал и приобрел новый протеин, который сделал его опасным для человека. Это произошло в процессе спилловера (англ. spillover).
Резервуар вируса – летучие мыши (Rhinolophus sinicus [12]); промежуточный хозяин: ящерица панголин (Manis javanica)? Существование промежуточного животного-хозяина SARS-CoV-2 между вероятным резервуаром летучей мыши и людьми все еще находится в стадии исследования. [13] Этим промежуточным животным-хозяином может быть домашнее животное, дикое животное или одомашненное дикое животное. [71]
22 января в Journal of Medical Virology Wei Ji и соавторами было опубликовано исследование о том, что 2019-nCoV обладает наиболее сходной генетической информацией с коронавирусом летучей мыши и наиболее схожим смещением в использовании кодонов со змеей. Тем не менее, последующие исследования показали, что источником вируса всё же являются летучие мыши.
Обнаружение белка AS-SCoV2 и bat-SL-RatG13 у вируса SARS-CoV-2 позволило предположить, что новый коронавирус, вероятно, возник в результате генетического дрейфа из bat-SL-CoV-RaTG13 [15] или Bat SARSr CoV-ZC45, Bat SARSr CoV-ZXC21. [93]
В исследование «Genomic variance of the 2019‐nCoV coronavirus» обнаружено, что геном CoV летучей мыши на 96,2% идентичен геному 2019-nCoV, также набор белков SARS-CoV-2 на 77,1% идентичен протеому вируса SARS. [16] Исследования множественного анализа последовательностей показали, что последовательности генома SARS-CoV-2 демонстрируют более чем 99% идентичность [16,90,91]. Низкая гетерогенность последовательностей свидетельствует о том, что все эти SARS-CoV-2 происходили от одного и того же источника в течение очень короткого периода. [90] При анализе 160 полных геномов SARS-CoV-2 человека исследователи из Кембриджского университета обнаружили три центральных варианта вируса, отличающихся аминокислотным изменением: A, B и C. Типы A и C были обнаружены в основном у европейцев и американцев, тогда как тип B был наиболее распространенным типом в Восточной Азии. [111] Тем не менее, настоящее время зарегистрированный уровень мутаций SARS-CoV-2, как правило, низок, и нет никаких доказательств того, что произошла вирусная рекомбинация. [93]
Учёные пришли к выводу, что вирус SARS-CoV-2 не произошел непосредственно от панголинов. Однако, из-за ограниченных метагеномных данных о вирусах, полученных из панголинов, нельзя исключить, что другие китайские панголины могут содержать коронавирусы, которые демонстрируют большее сходство с вирусом SARS-CoV-2. [17]
Анализ общедоступных данных о последовательности генома из SARS-CoV-2 и родственных вирусов не выявил доказательств того, что вирус был произведен в лаборатории. [31] Все имеющиеся на сегодняшний день доказательства свидетельствуют о том, что вирус имеет естественное животное происхождение и не является манипулируемым или сконструированным вирусом. (ВОЗ 2020, Coronavirus disease 2019 (COVID-19). Situation Report – 94) [71]
На основании имеющейся информации в начале вспышки не было известно, оказывает ли 2019-nCoV влияние на здоровье животных, и о конкретных событиях не сообщалось у конкретных животных. [14]
Однако, в начале февраля 2020 года собака из Тай-Хана, Гонконг, которая жила в той же семье, что и положительный пациент с COVID-19, стала положительной на SARS-CoV-2 при ОТ-ПЦР, и не имела клинических признаков.
На факультете ветеринарной медицины Университета Льежа была обнаружена РНК вируса SARS-CoV-2 в кале кошки с рвотой и клиническими признаками заболеваний органов пищеварения и дыхательных путей. Кот заболел через 1 неделю после возвращения хозяина из Италии. Он имел клинические симптомы (анорексия, диарея, рвота, кашель и поверхностное дыхание), совместимые с классической коронавирусной инфекцией (респираторные и / или пищеварительные симптомы). У кошки был положительный результат на вирус SARS-CoV2 в последующих пробах стула и желудочного сока. Положительные результаты ПЦР были подтверждены секвенированием. Через девять дней после появления клинических симптомов состояние кошки улучшилось. Мнение Научного комитета: «Научный комитет принял к сведению сообщения о предполагаемых случаях обнаружения вируса SARS-CoV-2 у домашних животных (2 собаки в Гонконге и 1 кошка в Бельгии). На основании этих данных Научный комитет считает низким риск передачи вируса от человека к животным». [73]