После кончины протопресвитера армии и флота Александра Желобовского на эту должность 7 мая 1910 года был назначен протоиерей Евгений Аквилонов, придерживавшийся во многом взглядов своего предшественника. Будучи сам ученым богословом, он был ценителем высшего богословского образования и старался привлекать на службу в ведомство военного духовенства священников с академическим образованием. Через неделю после своего назначения протоиерей Евгений исхлопотал возвращение отца Романа в военное ведомство и 14 мая 1910 года назначил его настоятелем построенного в 1857 году обширного Адмиралтейского собора в Севастополе, вмещавшего до восьмисот человек, освященного в честь святителя Николая Чудотворца. К собору были приписаны храм святого равноапостольного князя Владимира и церковь Черноморского флотского экипажа во имя святого Ростислава, вмещавшая до тысячи человек, построенная для матросов, которые жили на берегу, и для обучавшихся новобранцев. Причт собора размещался в расположенном рядом с собором каменном двухэтажном доме. 20 июня 1910 года отец Роман был возведен в сан протоиерея и назначен благочинным над Севастопольскими неподвижными военно-морскими храмами Черноморского флота.
Еще в 1905 году командование Черноморским флотом было обеспокоено религиозным и нравственным состоянием моряков. Командование видело главным средством воспитания команд их духовно-нравственное развитие, проведение бесед для противодействия влиянию сектантов и антиправительственных агитаторов. Однако при массе живущих в Севастополе моряков их религиозные пожелания удовлетворить было почти невозможно. Имеющийся в Севастополе небольшой штат морского духовенства при существовавших трех храмах морского ведомства едва мог удовлетворить религиозные потребности офицеров и их семей. Сами храмы могли вместить лишь небольшую часть моряков, на судах находилось всего два священника, и потому большая часть моряков не только была лишена духовного руководства, но и лишена возможности посещать богослужения. По этой причине командование Черноморского флота просило штаб флота увеличить число штатных священнослужителей, добавив к двум имеющимся восемь священников, по числу флотских экипажей. Или хотя бы даже трех – на два экипажа по одному священнику. Командование просило назначить священников «достаточно подготовленных, обладающих даром слова и могущих относиться к делу не с официальной лишь стороны, а вложить в него все свои силы и способности».
Назначение отца Романа благочинным явилось благоприятным для созидательной деятельности флотского духовенства. В конце 1910-го и в начале 1911 года был проведен ряд собраний берегового духовенства и офицеров Черноморского флота под председательством командующего флотом вице-адмирала Ивана Федоровича Бострема. На этих собраниях духовенство дружно свидетельствовало о низком религиозно-нравственном уровне моряков, причем именно тех, кто уже служил некоторое время во флоте. Нравственное состояние новобранцев, по мнению духовенства, было вполне удовлетворительно. Отец Роман сообщил, что доля новобранцев, не пораженная добрачным сожительством и развратом, была от 60 % до 90 %, зато старослужащие были задеты различными формами разврата от 90 % до 99 %. Причины этого он видел, в частности, в неблагоприятных условиях служения духовенства на флоте. Например, литургии на кораблях совершались только в двунадесятые праздники, и для ведения бесед с нижними чинами священникам флотским начальством времени не предоставлялось. Только во второй половине 1911 года в связи с широким распространением сектантства и по инициативе вице-адмирала Бострема духовенству было разрешено собраться на совещание, которое привело наконец к практическим результатам: «Стали более точно соблюдаться статьи морского устава относительно богослужений, то есть чаще стали совершаться обедни и всенощные бдения; священнику было предоставлено два часа в неделю для бесед с командой; было назначено по одной копейке с человека для приобретения и бесплатной раздачи командам брошюр и листков религиозно-нравственного содержания…»
После назначения командующим Черноморским флотом вице-адмирала Андрея Августовича Эбергарда к этим положениям добавились новые: «Благочинные, сначала судовой, а потом флагманский, получили права непосредственных докладов командующему флотом; те суда, где не было священников, были распределены между наличным составом духовенства; не осталось ни одной части флота, которая не была бы поручена духовному наблюдению того или другого священника; священники стали вести беседы не только на тех судах, на которых числились, но и судах, им приписанных; было вменено в обязанность командам судов, не имеющих своих священников, посещать богослужения в береговых морских храмах, и главным образом во Владимирском соборе». Морякам наконец была дана возможность соблюдать пост и приготовиться к исповеди и принятию Святых Христовых Таин. Хотя результаты этих мер и получились утешительными, но, однако, недостаточными в сравнении даже с тем, что было тогда в армейских частях.
Приближалось смутное время, обнажавшее не только социальные, но и религиозные проблемы. «Таврические епархиальные ведомости» в 1911 году писали о них: «Злоупотребляя дарованной Высочайшим Манифестом 17 апреля 1905 года религиозной свободой, всюду в городах и в селах появились разного рода лжеучителя, которые под видом благочестия и проповеди о спасении во Христе стали распространять в народе пагубные ереси…
Город Севастополь в этом отношении является наглядным, весьма характерным, хотя и печальным примером. Здесь приютились и ведут деятельную пропаганду всякого рода сектанты. Здесь есть баптисты, „евангелические христиане“, адвентисты, есть хлысты, „новые израилитяне“, духоборы, толстовцы. Все эти сектанты враждуют друг с другом, в одном только они сходятся – в крайней вражде и ненависти к Церкви Православной».
Летом 1912 года восстали матросы на линейных кораблях «Иоанн Златоуст», «Евстафий», «Пантелеимон», «Синоп», «Три святителя», крейсерах «Кагул», «Память Меркурия» и корабле службы связи «Кронштадт». Восставшие предполагали убить офицеров и захватить корабли. После подавления мятежа были арестованы и предстали перед судом 143 человека. 17 человек было приговорено к расстрелу, 106 – к каторжным работам от 4-х до 8 лет. 20 человек было оправдано. Командующий Черноморским флотом адмирал А. А. Эбергард утвердил смертный приговор 10-ти из 17-ти приговоренных. Для оздоровления нравственной обстановки среди моряков отец Роман предложил командованию флотом употребить духовное средство – индивидуальную исповедь, дабы с помощью таинства Покаяния поднять дух моряков. Командование согласилось.
После ликвидации восстания адмирал Эбергард обратился к протоиерею Роману с вопросом, нужно ли вводить во флоте тайную полицию для выявления настроения моряков. Священник заверил командующего, что настроение моряков здоровое, и тайная полиция введена не была. По просьбе командующего протоиерей Роман написал и выпустил книгу о дисциплине и товариществе во флоте.
У отца Романа сложились прекрасные отношения с командующим Черноморским флотом, о чем протопресвитер Георгий Шавельский в свойственной ему желчной манере писал: почтение адмирала к протоиерею Роману таково, что во флоте стали говорить, что «флотом командует не адмирал Эбергард, а протоиерей Медведь».
В послепасхальные дни 1914 года адмирал Эбергард предложил отцу Роману совершить двухнедельное плавание по Средиземному морю на яхте «Алмаз». Отец Роман давно уже хотел познакомиться с деятельностью судовых священников на греческих военных судах, а учитывая, что российские военные суда из Черного моря выходили редко, это предложение было для него большой удачей. Во время плавания отец Роман исполнял обязанности судового священника. На «Алмазе» церкви не было, и отец Роман взял с собой всё необходимое для богослужения, в том числе и антиминс. С собой он взял несколько сотен листков религиозного и патриотического содержания и «Троицкие листки» для раздачи матросам. Испросил он разрешить ему взять с собой церковного сторожа, который был хорошим чтецом и певцом.
Знакомясь с постановкой дела религиозного просвещения на греческих кораблях, отец Роман выяснил, что на малых кораблях храмов не было вовсе, но зато на больших кораблях храмы были подобающим образом благоустроены – с резными иконостасами красного дерева и с лампадами, которые не гасились во всё время похода. Зато с церковным уставом греки не церемонились, и лишь присутствие русского священника их несколько сдерживало. На литургии после чтения Евангелия сразу следовала Херувимская, а после Херувимской – Символ веры. На военных больших кораблях дело было поставлено несколько лучше – здесь служили архимандриты, так как греки справедливо считали, что для флота хорошие священники имеют большое значение. Поскольку число священников было ограничено, то они служили поочередно на разных кораблях. Если корабли стояли вместе, то моряков перевозили на один корабль, где совершалось богослужение; если корабли были рассеяны, то команды шли в приходские храмы на берегу. Все священники вели по две беседы в неделю на евангельские темы, причем беседы проводились и на всех приписных кораблях и продолжались не менее часа. Обязательная общая молитва совершалась один раз в день, около 10 часов утра. На молитву собирались все – от адмирала до матроса. Молитва читалась священником, а если его не было, то церковником. Читались из утреннего правила только начальные молитвы, и затем сразу следовало окончание: «Молитвами святых отец наших, Господи Иисусе Христе Боже наш, помилуй нас». Вечером молитва заменялась спуском флага и пением гимна, для чего присутствие священника считалось необязательным. Греки на кораблях строго постились в среду и пятницу, весь Успенский пост, последнюю неделю Рождественского поста, первую и последнюю недели Великого поста. Причащались моряки два-три раза в год. Священники исполняли на кораблях все требы, но платы за это не получали, так как имели жалование. Всенощных бдений на кораблях не совершалось, а только литургия, причем поскору. В общем религиозная жизнь на греческих кораблях и в греческих приходах произвела на отца Романа впечатление весьма неожиданное, которое еще предстояло обдумать.