Выделение продуцентов антибиотиков может производиться из самых разнообразных субстратов: почвы, гниющих растительных и животных остатков, илов, воды озер и рек, воздуха и других источников. Наиболее же богата микроорганизмами, продуцирующими антибиотики, почва. Из нее большей частью и выделяют организмы-продуценты антибиотических веществ.