Лисандр происходил из рода Гераклидов, знаменитых военными деяниями, но не бывших царями. Он подобно другим спартанцам был честолюбив и жаждал первенства, однако обладал способностью подавлять гордыню перед сильными мира сего, что позволило ему быть не только воином, но и дипломатом.
Лисандр избрал своей базой Эфес, окруженный владениями варваров. Он направил к порту со всех сторон грузовые суда, открыл верфь для постройки триер, возобновил торговлю в гавани и работу ремесленников, за что получил поддержку местного населения. Так как Спарта не могла ему предоставить большие средства, а персидский сатрап Тиссаферн, имевший повеление помогать союзным спартанцам и вытеснить афинян с моря, оказывал поддержку скупо, Лисандр отправился к царю Персии Киру и убедил его продолжать войну. К спартанцам стали перебегать гребцы с судов противника, привлеченные повышенным жалованьем.
В морском бою у мыса Нотия (407 г. до н. э.) афиняне потерпели поражение. Лисандр взял 15 триер.
Тем временем истек годичный срок командования флотом. Так как законом не допускалось продление этого срока, на смену прибыл Калликратид. В морском сражении у Аргинусских островов вблизи Лесбоса афинский флот в 406 году до н. э. нанес поражение спартанскому флоту. Спартанцы лишились 77 кораблей; уцелевшие отошли к острову Хиос. Афиняне потеряли лишь 25 кораблей.
Последствия блестящей победы афинян оказались неожиданными. Стратеги направились с главными силами к Митилене, оставив отряд судов для спасения моряков и воинов с погибших триер. Из-за бури почти никого спасти не удалось. Народное собрание, в котором главными обвинителями выступили триерархи, не выполнившие приказа стратегов, постановило казнить полководцев. Шестерых казнили, двоим удалось бежать. В результате Афины сами обезглавили свой флот. Это событие способствовало Лисандру, которого по настоянию союзников и персидского царя Кира вернули на флот. Так как по законам Спарты никто не мог быть дважды командующим флотом, назначили Арака, но фактически власть была в руках Лисандра.
Кир, пригласив флотоводца в Сарды, дал денег и порекомендовал не вступать в сражение, пока он не приведет кораблей из Финикии и Киликии. Он доверил Лисандру управление и сбор податей с городов.
Узнав о том, что берегов Гелеспонта (Дарданелл) афиняне не охраняют, в 405 году Лисандр повел флот и взял союзный Афинам город Лампсак. Однако к устью пролива подошел афинский флот со 180 боевыми кораблями. Пополнив запас продовольствия, афиняне расположились в устье реки Эсгопотамы.
Лисандр избрал своеобразную тактику. В течение дня афиняне выманивали противника в море. Спартанцы спокойно ожидали атаки. Так же Лисандр действовал и в следующие дни. Афиняне, убежденные в слабости противника, потеряли осторожность. На пятый день они высадились при Эсгопотамах, а посланные Лисандром быстроходные суда, подняв на мачту блестящий щит, подали сигнал о том, что все сошли на берег, спартанский полководец спешно направился к месту афинской стоянки. Расстояние в 15 стадиев (менее трех километров) суда прошли быстро.
В итоге смогли спастись только быстроходный государственный корабль «Парал», поплывший в Афины, и 8 кораблей Конона, направившиеся к Кипру. Лисандр торжественно привел трофейные суда к Лампсаку, где 3000 пленных афинян были казнены.
Вскоре Лисандр сообщил в Спарту, что с двумя сотнями кораблей идет на Афины. Под стенами города уже стояла большая пелопоннесская армия. Осажденный с моря и суши город страдал от голода. В 404 году город капитулировал. Лисандр посадил в городе правительство Тридцати тиранов, которые истребляли сторонников демократии.
Доставив в Спарту многочисленную добычу, в том числе золотые и серебряные деньги, стратег возбудил среди части спартанцев страсть к наживе. Сам он богатств не скопил, все добытое отдавал на государственные нужды. Но с этого времени Лисандр, видя уважение к себе и даже преклонение, стал проявлять заносчивость и самонадеянность. Он был коварен и жесток с побежденными. В конце концов после жалобы перса Фарнабаза на грабежи войск Лисандра в его владениях полководца вызвали в Спарту.
После встречи с эфорами Лисандр получил разрешение отправиться на поклонение храму Аммона. На самом деле он уходил из-под власти Спарты. Встревоженные его отъездом цари, опасаясь, что Лисандр воспользуется созданными им по всей Греции тайными обществами, организовали контрперевороты, чтобы изгнать сторонников стратега. В первую очередь афиняне ликвидировали в 403 году Совет тридцати. Вернувшийся Лисандр убедил лакедемонян в необходимости помочь олигархам. Он предпочитал действовать силой оружия.
Добившись того, что новым царем избрали Агесилая, Лисандр уговорил его идти воевать с варварами в Азии. Авторитет полководца оказался столь велик, что Агесилай оказался как бы в его тени.
Без финансовой поддержки Персии спартанцы не смогли выстроить новый флот, разбитый афинянами в 395 году. Так, оставив флот без талантливого флотоводца, Агесилай заложил основу будущих поражений Спарты от воссозданного Афинского морского союза.
Лисандр в ходе коринфской войны организовал поход против Фив, активных сторонников афинской демократии. Он погиб в бою под городом Галиартом (Алиартос) в 395 году до н. э. и был похоронен за границей Беотии, на земле союзного города Панопея.