Уничтожения СССР привело не только к уничтожению социалистического государства, деформированию социальной сферы, социальных завоеваний трудящихся, но катастрофа захватила и такую важную сферу как наука. Прежде всего, это коснулось полноценного финансирования этой отрасли, которое, как шагреневая кожа, с каждым годом все больше суживалось. В ельцинские годы правления главный удар был нанесен по прикладной науке.
В ходе административной реформы 2004 г. науку стал курировать социальный блок правительства. Тем самым связь науки с запросами реальной экономики была потеряна, а управление свелось к контролю достижения научными коллективами сомнительных показателей, изобретенных чиновниками. В 2010 г. была изменена организационно-правовая форма научных институтов и вузов, их превратили в бюджетные учреждения. В итоге – резкое усиление некомпетентного вмешательства чиновников в исследовательский процесс, тотальная бюрократизация, нарушение традиций академического самоуправления, принятых в научно-образовательных организациях всего мира. Внедрено единоначалие, которое ставит ученых и преподавателей в полную зависимость от администрации. После принятия в 2012 г. закона «Об образовании» разрушена научная аспирантура и подорвана база подготовки научных кадров. С тех пор число аспирантов, защищающих диссертации в срок, сократилось в пять раз.
Наконец, в 2013 году власть решила взяться за науку основательно, подвергнув всю ее структуру глубокому реформированию.
Изначально, предложения инициаторов реформы сводились к тому, чтобы ликвидировать три государственные академии – Российскую академию наук, Российскую академию медицинских наук и Российскую академию сельскохозяйственных наук, создав вместо них одну общественно-государственную организацию под названием «Российская академия наук», передав её имущество в ведение федерального агентства, которое выступало бы в роли учредителя объединённой академии. Также предполагалась передача других отраслевых государственных академий наук в ведение уполномоченных федеральных органов исполнительной власти по примеру Российской академии ракетных и артиллерийских наук (РАРАН), которая с момента своего образования находилась в ведении Министерства обороны. В части академических званий предполагалось заменить двухступенчатую систему членства одноступенчатой и допустить возможность лишения звания «академик» его обладателя.
Согласно проекту закона, внесённому в Государственную думу 28 июня 2013 года, предлагавшиеся на первом этапе реформирования меры имели характер административно-имущественной реорганизации и не предусматривали существенных изменений, касающихся регулирования научной деятельности государственных академий и подведомственных им организаций. При этом к подготовке этого закона не было привлечено научное сообщество в нарушение действующего законодательства, согласно которому должно проводиться общественное обсуждение вопросов подобного уровня важности.