В 1881 году к России присоединена Закаспийская область с центром в городе Ашхабад.
С 1884 года наступает переломный момент в исследовательской жизни Зарудного. На собственные сбережения и на деньги от продажи части коллекции оренбургских сборов он предпринял первую отдаленную поездку в совершенно неисследованный Закаспий. Места были незнакомы, глубинные его части не посещал ни один зоолог, а времена – крайне беспокойные.
В «Послужном» списке отмечено следующее: «Был в отпуске с 4 июня по 14 августа 1884 г., из коего прибыл 28 сентября 1884 г., просрочка эта признана Начальством уважительною, как это видно из предписания Главного управления военно-учебных заведений».
В экскурсиях, странствуя один, он сильно отдалялся от русских опорных пунктов. Ночевал под открытым небом, греясь у костра. Питался дичью и собирал все, что мог добыть ружьем, энтомологическим сачком или просто руками. Сборы, в том числе 600 птиц, передал в Зоомузей Академии наук, а рукопись статьи направил М. А. Мензбиру, с которым в 1885 года вступил в оживлённую переписку и стал отправлять птиц для проверки своего определения.
В статье, опубликованной на французском языке М. А. Мензбиром в Бюллетене МОИП (1886), Зарудный сообщает биологические и географические сведения о 184 видах, из которых некоторые снабжены и замечаниями по систематике. В предисловии МА. Мензбир дает следующую оценку этой публикации: «Располагая очень небольшими деньгами, лишенный необходимых припасов, предоставленный собственным силам, Зарудный исследовал в зоологическом отношении Ахалтекинский оазис, и его результаты превосходят всё полученное даже целыми экспедициями, работавшими в соседних областях». Сам Зарудный (1915) пишет: «Судьба перенесла меня в Туркестан, где охоты и экскурсии оказались, конечно, более пышными, разнообразными и добычливыми. Дичь дичью, но я привык, как на экскурсии, так и во время охоты, обращать внимание не только на одно «мясо»».
Уже 19 декабря 1885 года Зарудный по предложению М.А. Мензбира и К.Э. Линдемана избран действительным членом Императорского Московского общества испытателей природы.
9 мая 1885 года Зарудный избран действительным членом Санкт-Петербургского общества естествоиспытателей.
23 мая 1885 года он опять едет в Закаспий, на этот раз со студентом А. М. Никольским. Первоначально они предполагали исследовать р. Атрек вдоль русско-персидской границы, не выходя за пределы России. Но азербайджанец, хозяин лачужки, в которой они устроились, предложил переплыть на лодке по морю, купить лошадей и двинуться вглубь Персии. Себя рекомендовал в качестве переводчика с фарси. Авантюрный план был принят, и они отправились в путь. Однако уже 11 июня давно болевшая нога Зарудного окончательно отказалась служить, разыгралась и малярия, да так, что он был вынужден покинуть спутников и поехать в Астерабад, в горных окрестностях которого немного экскурсировал. 25 июня, еле сидя на лошади, отправился в Гязь, но через неделю малярия настолько усилилась, что он был вынужден пароходом вернуться в Россию «с самыми нищенскими научными результатами». Однако в статье по результатам поездки «Материалы для орнитологической фауны Северной Персии» (1892) приводит сведения о 129 видах птиц.
Уведомление об избрании Н.А. Зарудного действительным членом МОИП
Диплом об избрании Н.А. Зарудного действительным членом МОИП
Диплом об избрании Н. А. Зарудного действительным членом Санкт-Петербургского общества естествоиспытателей
С конца июля деятельно начал экскурсировать в окрестностях Оренбурга. В конце года обращается в МОИП за финансовой помощью для продолжения работ в Закаспии и получает всего 300 руб. На эти средства с 15 апреля по 7 сентября 1886 года совершает третью поездку. Подробные результаты опубликованы и содержат общегеографические и климатические сведения, данные о 42 видах млекопитающих, свыше 300 птиц и 39 пресмыкающихся и земноводных. Таким образом, работа представляет основательный обзор наземных позвоночных Туркмении.
Летом 1887 и 1888 годов ограничился поездками по Оренбургскому краю.
В апреле 1887 г. на заседании Физико-математического отделения Императорской академии наук монография «Орнитологическая фауна Оренбургского края» и результаты исследований в Закаспии номинированы на премию имени академика Брандта, которая и была присуждена Зарудному в 1888 году.
Копия решения Физико-математического отделения Императорской академии наук
Это первая награда Зарудного. На молодого ученого и опытного коллектора обратили внимание ведущие зоологи страны и всячески способствовали его исследованиям.
В дальнейшем в «Послужном списке» отмечено, что по домашним обстоятельствам с 30 марта по 1 сентября 1889 года был в отпуске без содержания, прибыл на службу 20 сентября. Однако в это время, при финансовой поддержке МОИП, он, в сообществе со студентом Петербургского университета А. Л. Ященко, в четвертый раз широко обследует Закаспий. Публикует статью о птицах Амударьи (1890). А. Л. Ященко по результатам этих экспедиций написал свою единственную исключительно орнитологическую статью «Орнитологические наблюдения на средней Аму-Дарье в районе Чарджуй-Келиф».
Лето 1890 года проводит на родине у тетки и публикует небольшую статью «Птицы долины р. Орчика и окололежащей степи» (1892), а по возвращении деятельно коллектирует до весны 1891 года в окрестностях Оренбурга. 27 апреля, по словам Зарудного, случился «погром», в результате которого, по-видимому, значительная часть оренбургской коллекции погибла.
Извлечение из решения Физико-математического отделения Императорской академии наук: «В качестве Председателя Комиссии по присуждению премии имени академика Брандта имею честь довести до сведения Отделения <…>, что Комиссия, основываясь на параграфе 18 правил, дающим членам Комиссии право включать в конкурс сочинения, не представленные на соискание самими авторами, выслушала составленный адъюнктом Плеске отзыв о сочинении преподавателя 2-го Оренбургского Кадетского корпуса Н. А. Зарудного «Орнитологическая фауна Оренбургского края», появившаяся в 1888 году в виде приложения к LVII тому записок Академии. По мнению г. Плеске, как названное сочинение г. Зарудного, так, в особенности, его деятельность по изучению фауны позвоночных Закаспийской области, составляют наиболее выдающееся явление в области исследования фауны России в течение последнего пятилетия и являются продуктом счастливого сочетания блестящих способностей г. Зарудного с удивительною энергию. Благодаря этим качествам г. Зарудному удалось побороть препятствия, вытекавшие из недостатка средств и пособий, необходимых при производстве фаунистических исследований и добиться блестящих результатов, выражающихся в обогащении нашей орнитологической литературы выдающимся трудом. Своею же деятельностью по изучению фауны позвоночных животных вновь присоединенной к России Закаспийской области, Н. А. Зарудный заслужил, по мнению референта, особую признательность Академии, так как он, по собственному почину, явился успешным деянием на поприще исследований вновь приобретенной Россией окраины, т. е. на поприще, которому Академия, как известно, посвятила не мало сил и средств. Соглашаясь с изложенным в пространном отзыве, мнением г. Плеске о заслугах Н. А. Зарудного, Комиссия постановила единогласно: присудить г. Зарудному премию имени академика Брандта за изданную им «Орнитологическую фауну Оренбургского края».
Зима 1891/1892 года была важным этапом в личной жизни Зарудного: он уезжает из Оренбурга, «спасаясь от предстоящего ему брака с одной из местных девиц».
Не исключено, что и «погром» мог быть результатом этой размолвки. Не просто понять характер «отважной» дамы, ведь женихом он был незавидным: на стенах его трехкомнатной казенной квартиры на краю города висели гнезда ос, расправленные бабочки и жуки, на полу комнаты лежал череп верблюда, а в углу – человеческий. В соседней комнате он держал разнообразных птиц, часто приносил домой подранков и выхаживал их, в другой комнате некоторое время жили ручной корсак, филин, а на кухне – ручной еж и суслики. Его любимая собака отдыхала в самой маленькой комнате на кровати, а сам он – рядом, на войлочном половичке.
Псковский кадетский корпус
Жизнь Зарудного продолжила идти своим чередом, своей страсти он не изменил. В «Послужном списке» отмечено, что он был в отпуске с сохранением содержания с 14 января по 8 мая 1892 года, хотя Н. А. Бобринской пишет, что оплачен был только отпуск с 14 января по 22 марта, а дополнительный отпуск, с 11 апреля по 22 августа, Зарудный взял за свой счет.
В первых числах апреля Зарудный отправился судном из Баку на четыре месяца в пятую экспедицию в Закаспий, «имея на этот раз в своем распоряжении достаточно времени и денег». К сентябрю, по-видимому, не заезжая в Оренбург, переехал к новому месту службы в Псковский кадетский корпус.
В Пскове активно путешествует и собирает коллекцию буквально с первого года службы. Например, в «Послужном списке» отмечено: «Высочайше разрешенном отпуске на 5 месяцев без содержания с 11 апреля по 22 августа 1893 г.». «Высочайше» означает, что разрешил отпуск начальник Главного управления военно-учебных заведений.
Уведомление Н. А. Зарудному от директора Зоологического музея Императорской академии наук Ф. Д. Плеске
Результатом пяти поездок стала капитальная сводка «Орнитологическая фауна Закаспийского края» (1896), рукопись которой закончена уже к декабрю 1893 года. Посвящена она, как и его монографии по путешествиям в Персии, памяти профессора М. Н. Богданова, которого автор глубоко уважал и который, по-видимому, был первым зоологом, вступившим с ним в профессиональную переписку. В этой работе приведены сведения о 445 формах. Особенно полно освещена биология малоизвестных птиц.
Диплом об избрании Н. А. Зарудного Корреспондентом Зоологического музея Императорской академии наук
Собранный материал настолько обширный, что автор смог разделить Закаспийский край на пять зоологических участков и наметить основные пролетные пути. Из территории с почти неизвестной фауной она стала одной из наилучше обследованных в орнитологическом отношении областей России.
На этом закончились его оренбургские и закаспийские исследования.
13 декабря 1895 года на заседании Физико-Математического отделения Императорской академии наук Зарудный избран Корреспондентом Зоологического музея Императорской академии наук.