Согласно натуралистической концепции религия рождается внутренними потребностями человеческого организма – его инстинктами, влечениями, физиологическими реакциями. Психоанализ создал один из вариантов натуралистического объяснения религии. Один из представителей этого течения – Фрейд, религиозные представления он рассматривал в качестве иллюзий, выступающих как «исполнение древнейших, сильнейших, навязчивых желаний человечества: тайна их силы заключается в силе этих желаний». Эрих Фромм объясняет потребность человека в религии, прежде всего, его «экзистенциальным конфликтом», под которым подразумевается «человеческая дихотомия», раскол между душой и телом, выделяющий человека из царства животных. Религией Э. Фромм называет «любую систему мыслей и действий, которая предоставляет индивиду систему ориентиров и объект, которому он может поклоняться». Некоторые психоаналитики считают, что вера в Бога необходима для человека. Такого мнения придерживается, например, К. Г. Юнг. Он создал теорию «коллективного бессознательного», содержащего архетипы – некие символы, идеи и представления, свойственные якобы всему человеческому роду. Психоаналитическая школа в психологии религии имеет в настоящее время немало сторонников среди западных психологов.
Атеистическая концепция религии свое наиболее последовательное, законченное развитие получила в марксизме. Религия имеет социальную природу, поскольку «сущность человека не есть абстракт, присущий отдельному индивиду, в своей действительности она есть совокупность всех общественных отношений». Главной причиной существования религии является стихийность общественного развития, когда люди не в состоянии сознательно управлять общественными отношениями.
Марксизм рассматривает гносеологические и психологические ее корни. Гносеологические корни религии – это возможности формирования религии, связанные с познанием мира. Суть гносеологических корней состоит в абсолютизировании, раздувании субъективной стороны человеческого познания. Способность человеческого мышления вычленять общее, существенное и необходимое, отвлекаясь от единичного, есть величайшее завоевание человечества, сделавшее возможным все достижения научного, теоретического познания. Психологические корни религии коренятся в эмоциональной сфере человеческой психики. Они не ограничиваются лишь перманентным чувством страха в условиях антагонистического общества. Постоянное накопление отрицательных переживаний ведет к тому, что человек ищет средства для избавления от отрицательных эмоций, прибегая к помощи религии.