Одной из древнейших в Японии является стоянка Ивадзуку, где найдены грубые рубилообразные орудия из галек и крупные ножевидные пластины, относящиеся к раннему неолиту или мезолиту. Здесь обнаружены могильники и множество стоянок. На ранних неолитических поселениях находят остродонные и "цилиндрические" сосуды, поверхность которых покрыта оттисками верёвочки, топоры, обсидиановые остроконечники, скребки, грузила и другие изделия из камня, скопления раковин морских моллюсков (это так называемая культура "кухонных куч"). Население в этот период занималось охотой и рыболовством, собирательством растительной пищи и морских моллюсков, жило в больших общинных землянках.
Находки глиняных женских статуэток свидетельствуют о характерном для эпохи материнского рода почитании женщин-прародительниц. Археологическая культура этого периода носит название "дзёмон" (по "верёвочному" орнаменту).
В позднем неолите появляются сосуды в виде ваз с узким горлом и носиком, как у чайников, с лощёной или окрашенной в красный цвет поверхностью; зачастую они украшались спиральным орнаментом. В торфяной стоянке Корекава сохранились сосуды и другие изделия из дерева (луки, мечи и кинжалы), покрытые местным красным и чёрным растительным лаком. Совершенствуются каменные орудия, появляются украшения из раковин и кости, нефрита и янтаря. К концу неолита территория Японских островов была сплошь заселена человеком.
Пережитки неолитической культуры существовали в стране вплоть до 4—3 вв. до н. э. К этому времени на островах появились пришельцы с материка (из Китая, Кореи), уже знакомые с металлом (бронза, затем железо). Они сеяли рис и бобовые, разводили домашних животных, в том числе лошадей. Сложившаяся под влиянием этих племён археологическая культура яёи (существовавшая с 3—2 вв. до н. э. по 3—5 в. н. э.) отмечена наземными постройками, в т. ч. сооружениями на сваях, а также посудой, изготовлявшейся на гончарном круге (форма и орнаментика её при этом упрощены). Погребения знати совершались в ящиках из каменных плит под курганами. В могилах находят бронзовые мечи и наконечники копий, китайские зеркала, драгоценные украшения из нефрита и яшмы.
В древних китайских летописях содержатся материалы, свидетельствующие о том, что в последних веках 1-го тысячелетия до н. э. на Японских островах жили отдельные племенные группы. В 3 в. н. э. образовался довольно крупный племенной союз – "государство царицы Химико", как его называют китайские источники. Из этого местного племенного союза вырос общеплеменной союз. В дальнейшем в результате разделения японского общества на классы возникло государство. Территорией, на которой оно первоначально складывалось, были главным образом южная часть острова Хонсю и северная часть острова Кюсю. Образование государства происходило в борьбе вождей племенных групп, обитавших в каждом из указанных районов, причём во 2-й половине 5 в. гегемония в общеплеменном союзе перешла к племенной группе Ямато (Ва). "История Сун" упоминает под 478 г. о послании от царя Ямато (по японским источникам это, по-видимому, Юряку), в котором он сообщает о покорении всех стран на востоке, юге и даже за морем (имелась в виду Мимана – японское владение в южной части Корейского полуострова с 4 в.). В этом послании очевидно, отражена заключительная фаза процесса объединения, подавляющей части племени в одном союзе.
Выступление на первый план племенной группы Ямато связано, видимо, с более быстрым развитием материальной культуры в этом районе. Специфические для неё погребальные памятники – курганы, состоят из квадратной и круглой в плане частей, соединённых вместе. Курганы князей и царей достигают в высоту 33 м. В курганах находят погребения воинов с пластинчатыми железными панцирями и шлемами, оружием (мечи, копья и стрелы с железными наконечниками), принадлежностями конского убора, многочисленными украшениями. Находки в погребениях свидетельствуют также о распространении железных земледельческих орудий (мотыги, лопаты, плуги).
Процесс формирования классового общества и государства в Японии усилился с 5 в. К этому времени изменились отношения между главами племенного союза – царями Ямато – и местными вождями, последние стали рассматриваться как представители центральной власти; изменились отношения между вождями-старейшинами и общинниками: вместо "приношений" – части охотничьей добычи и продукции домашнего ремесла – появляется оброк зерном (татикара) и продукцией ремесла (мицуги); появляется и рабочая повинность (этати) – обязанность производить строительные, ирригационные и осушительные работы. Это свидетельствует о зарождении элементов феодальных производственных отношений при наличии обширного слоя свободных общинников-земледельцев. Из общины выделяются "свои поля" (ата), собственные владения (миякэ, тадокоро) родовой знати. На их полях работают подневольные землепашцы (табэ) из числа обедневших общинников, попавших в зависимость от прежних родовых старейшин. По своему положению такие табэ были близки к рабам. От рабов, появившихся ранее и бывших только домашними слугами (яцуко), их отличало то, что они сохраняли своё имущество и их хозяин не мог их продать, отдать или убить. Ввиду этого многие историки называют их полурабами или полусвободными.
Труд полусвободных способствовал развитию производительных сил и экономическому усилению племенной знати. Это связано с тем, что в категорию полусвободных попадала значительная часть корейцев и китайцев, либо занесённых на японские острова волнами мигрантов, либо увезённых во время набегов японцев на Корею. Эти выходцы из Кореи и Китая были носителями гораздо более высокой культуры, чем японцы в то время, в частности, у них была распространена более высокая техника земледелия. Часть этих выходцев составляли ремесленники. Местные вожди, под власть которых они подпадали, предоставляли им возможность иметь имущество и орудия производства, но обязывали их жить в определённых местах компактными группами, отбирая у них всю продукцию. Тем самым по своему положению такие ремесленники приближались к рабам. Эту категорию полурабов-полусвободных японские источники именуют томобэ и какибэ. Так, наряду с развитием феодальных отношений в древней Японии образовался рабовладельческий уклад. Развитию рабовладельческих отношений препятствовали многие факторы: главная отрасль хозяйства – земледелие – в подавляющей части находилась в руках свободных общинников; крупные латифундии, создающие условия выгодного применения труда рабов, в горной стране были невозможны; был ограничен и источник пополнения рабской силы: превращать в рабов общинников было невыгодно, так как оброк и отчасти барщина приносили большие выгоды, чем рабский труд; оставалось пользоваться рабским трудом только пленных, захватываемых в Корее во время набегов, но в 6 в. на полуострове выросло в мощное государство одно из трёх корейских царств – Силла, которое не только успешно отражало набеги японцев, но в 562 г. даже вытеснило их из Мимана. Приобретение рабов на японских островах из племён эбису (айну) и кумасо (хаято) было связано с далёкими и трудными походами, во время которых японцы наталкивались на сильное сопротивление.
Поэтому рабовладельческий путь развития в 7 в. уже исчерпал свои возможности, и Япония не стала рабовладельческим государством; её развитие пошло по пути феодализма. Утверждение феодализма сопровождалось созданием сильной центральной власти, способной подавить сопротивление земельных собственников-рабовладельцев, а также преодолеть традиции старой общины. Создание такой власти произошло в борьбе, в которой столкнулись отдельные группы правящего класса. Основную роль сыграл род бывших вождей племенного союза – царей Ямато. Изданный в 605 г. принцем-регентом Умаядо (Сётоку-тайси) "закон 17 статей" провозглашал верховную власть царей Ямато. Тогда же была сделана попытка опереться на могущественную Суйскую империю, образовавшуюся в конце 6 в. в Китае: к Суйскому двору одно за другим направляются посольства. В посланиях, передаваемых этими посольствами, впервые входит в употребление новый – китайский по языку и происхождению – титул "тэнно", которым стали именовать себя во внешних сношениях правители Японии; этот титул сохраняется и поныне и переводится на европейские языки словом "император".
В дальнейших событиях большую роль сыграли внешние факторы: политическое влияние Китая, где в это время создалась могучая, централизованная феодальная империя, влияние китайской образованности, особенно правовых норм, политических теорий; влияние буддизма, перешедшего из Китая в Корею, а оттуда (с 6 в.) в Японию. Централизованная, иерархически организованная буддийская церковь создавала образец централизованного феодального государственного устройства. Единство культа и абсолютное значение верховного божества (Будды) способствовали преодолению остатков прежней родоплеменной разобщённости; авторитарность религиозных догматов создавала почву для подчинения народных масс верховной власти и облегчала их эксплуатацию.
По мнению многих историков, к утверждению феодального способа производства как господствующего привёл произошедший в 645 г. переворот, получивший наименование "переворота Тайка" (по наименованию года, когда он произошёл). Сам переворот состоял в истреблении принцем Наканооэ рода Сога, на время совершенно оттеснившего царский род от власти. В своих действиях царский род был поддержан родом наследственных жрецов исконной японской религии синтоизма – родом Накатоми, получившим после переворота фамилию Фудзивара. Однако это не был просто верхушечный дворцовый переворот. "Переворот Тайка" был осуществлён теми группами правящего класса, которые были заинтересованы в укреплении феодальной формы эксплуатации. При этом сам переворот происходил, по-видимому, в обстановке широкого движения рабов категории табэ, томобэ и какибэ, стремившихся освободиться от рабского положения. Это движение ослабило силы групп господствующего класса (преимущественно связанных с рабовладением), находившихся у власти до "переворота Тайка". О силе движения табэ, томобэ и какибэ свидетельствует тот факт, что сейчас же после переворота, в 646 г., было объявлено освобождение всех табэ, томобэ и какибэ с уравнением их в положении с феодально-зависимыми крестьянами.
В том же манифесте 646 г. были отменены все частные владения, и земля переходила в собственность государства. Население превращалось в держателей государственных наделов. Таким образом, японское раннефеодальное государство основывалось на государственной феодальной собственности на землю. Крестьяне получали подушные наделы и были обложены налогом – зерном и продукцией домашнего ремесла, а также несли рабочую повинность на общественных работах (строительных, ирригационных и др.) в течение определённого числа дней в году. Крестьяне были лишены права покидать свои наделы, что означало фактическое прикрепление к земле. Правящий класс сохранил земельные владения под видом должностных и ранговых наделов. Для управления государством был создан обширный централизованный аппарат. Была введена система светского образования для подготовки чиновников, построенная по китайскому образцу. Китайский язык стал официальным языком правительственного обихода и даже вошёл в быт высшего слоя правящего класса. В 701 г., утвердившийся в Японии после "переворота Тайка" строй получил фиксацию в своде законов – Кодексе Тайхорё. В 710 г. был построен по образцу китайских столиц город Нара – первый город в Японии.
Утверждение государственной собственности на землю и образование раннефеодального централизованного государства создали благоприятные условия для развития производительных сил. Подъём обнаружился прежде всего в сельском хозяйстве. Он был связан с распространением железных орудий: мотыги, плуга, с пахотой на волах, с улучшенными способами обработки земли.
После того как в стране утвердилась поместная система, среди феодалов шла непрекращающаяся междоусобная борьба. В первое время борьба вылилась в столкновение местных феодалов с Фудзивара. В 1086 г. враждебные дому Фудзивара феодалы увезли императора из столицы в Хиэйдзан – буддийский монастырь, бывший тогда одним из самых сильных феодальных владений и имевший у себя крупные военные силы. Фудзивара ответили на это возведением на престол нового императора. Так образовались два правительства – в Киото и в Хиэйдзан. Такое положение продолжалось до 1167 г. Фактически в это столетие – с середины 11 в. до середины 12 в. – никакого центрального правительства, распространявшего хоть в какой-либо мере свою власть на всю страну, не было. В стране хозяйничали местные феодалы. В их владениях шёл процесс установления ленных отношений. Эти отношения возникли в поместьях в связи с появлением в них собственной вооружённой силы. В дружины феодалов шли крестьяне, главным образом из среды старост, то есть наиболее зажиточного слоя крестьянства. Обладание участками у них было соединено со службой в дружинах и рассматривалось как ленное пожалование. Так выросло мелкое ленное землевладение и образовался служилый слой – воины-дружинники (самураи), группировавшиеся вокруг какого-нибудь могущественного дома как его вассалы (кэнин).
В начале 13 в. во главе управления страной стали правители из дома Ходзё, бывшего ближайшим помощником Минамото во время войны, но затем отстранившего своих сюзеренов от власти. Представители дома Ходзё правили страной с титулом "сиккэн" ("управляющий") по 1333 г.
В 13 в. завоевания монголов в Китае и Корее поставили под угрозу монгольского нашествия и Японию. В 1268 и 1271 гг. в Японии появились монгольские послы с требованием подчиниться власти великого хана Хубилая. Оба раза правители Ходзё не дали ответа и стали готовиться к обороне. В 1274 г. состоялась первая экспедиция Хубилая против Японии. Монголо-корейский флот подступил к острову Кюсю. Однако смерть монгольского главнокомандующего внесла смятение в ряды наступавших, а буря сильно повредила их флот. В результате монголы вынуждены были отступить. В 1281 г. монголами была предпринята новая экспедиция. Против Японии были двинуты два флота, которые должны были соединиться у берегов Кюсю. Однако южный флот запоздал к месту встречи. Японцы отразили гораздо более слабый восточный флот; когда же подошла главная армада, тайфун страшной силы, пронёсшийся над Японией, потопил большую часть монгольского флота, часть кораблей была рассеяна. Только жалкие остатки этой армады добрались до Китая. Одним из последствий монгольских экспедиций было ухудшение положения крестьян, обложенных дополнительными налогами. Ухудшилось и положение дворян – мелких ленников. Для получения средств они начали закладывать земли ростовщикам; началась продажа земли. Тем самым подрывались экономические основы жизни того социального слоя, который был опорой государственной власти. Правительство Ходзё поэтому вынуждено было запретить продажу дворянских земель купцам. Когда же этот запрет не достиг своей цели, так как обедневшие вассалы прибегали ко всяким формам скрытой продажи, правительство решилось на крайнюю меру: все сделки по купле-продаже, займам и закладам были объявлены лишёнными силы. В первый раз в широком масштабе это было сделано в 1297 г. в форме указа, получившего название Токусэйрё. С этого времени такие аннулирования земельных сделок стали обычной формой борьбы феодалов за сохранение в своих руках земельных владений.
На юго-западе страны быстрее, чем в других районах страны, развивалось ремесло. Развитие пиратской торговли обогащало торгово-ремесленное население этой части страны, так как именно она входила в орбиту этой торговли. Восток же страны оставался главным образом сельскохозяйственным; феодалы там были гораздо беднее, ремесло и торговля менее развитыми. Поэтому жизненный центр страны постепенно стал перемещаться на запад. Такое перемещение происходило в обстановке возобновившейся борьбы между феодалами юго-запада и феодалами востока.
В 14 в. между феодалами Японии проходили междоусобные войны. Юго-западные феодалы, возглавляемые Кусуноки Масасигэ и Нитта Ёсисада, захватили Киото и привлекли на свою сторону императора Годайго. Однако камакурский лагерь, возглавляемый сиккэнами Ходзё, был всё же очень силен. Исход войны решила измена одного из главных военачальников Ходзё – Асикага Такаудзи, открывшего фронт наступающим на Камакура войскам Нитта Ёсисада. В 1333 г. Камакура, последний оплот Ходзё, был взят. Однако власть перешла не в руки победителей. Асикага Такаудзи, сохранивший в целости свои войска, быстро двинулся на юго-запад и занял Киото, где провозгласил себя сёгуном (1335 г.). Этот акт немедленно столкнул его со всем лагерем юго-западных феодалов. Война возобновилась, причём лагерь юго-западных феодалов считал императором Годайго, бежавшего из Киото при занятии этого города войсками Асикага Такаудзи, а феодалы, поддерживавшие последнего, провозгласили императором одного из оставшихся в Киото принцев. Так началась эпоха, которую японские исторические памятники назвали "периодом двух правительств" – северного и южного. Борьба двух групп феодалов продолжалась с 1335 по 1392 гг. Она истощила обе стороны, и они стали обнаруживать склонность к примирению. Эта тенденция крепла по мере того, как заканчивался начавшийся в этой войне передел владений. Утвердившиеся в новых местах феодалы нуждались в мире для того, чтобы окончательно закрепить за собой свои владения. В 1392 г. третьему сёгуну из дома Асикага – Ёсимицу – подчинились все феодалы. Южный император при этом отрёкся от престола в пользу северного. Так в Японии установилась новая сёгунская династия – Асикага. Резиденцией правительства стал район Муромати в Киото, по которому время нахождения у власти дома Асикага получило в японской историографии наименование периода Муромати.
С появлением европейцев стало распространяться огнестрельное оружие. Спрос на него был настолько велик, что скоро началось изготовление оружия и в самой Японии. Распространение огнестрельного оружия произвело переворот в военном деле. Изменилась техника боя: первую роль стали играть не всадники, а пехотинцы. Князья стали формировать свои отряды из солдат-профессионалов, обычно выходцев из крестьян.
Европейцы принесли с собой и свою культуру. Среди японцев стали распространяться новые знания: расширился географический горизонт, развилось судостроительное искусство, навигационное дело; возникла новая медицина. Явившиеся вслед за купцами миссионеры-иезуиты начали распространять католичество. Южные князья давали им разрешения на проповедь, на открытие школ и типографий. Более того, они сами начали принимать христианство. Причина такого успеха миссионеров состояла в том, что князья надеялись при посредстве европейцев расширить морскую торговлю, привлечь в Японию побольше португальских и испанских торговых судов. Кроме того, каждый из князей рассчитывал на поддержку европейцев в борьбе с соперниками, другими феодалами.
В результате всех этих событий укрепились позиции купечества. Купцы в Нагасаки, Киото, Сакаи, Хаката получали от феодалов ряд привилегий и льгот. Усилилось проникновение торгового капитала на внешние рынки, строительство факторий в разных странах Тихого, океана. В условиях непрекращавшихся в стране крестьянских восстаний среди класса феодалов усилилась тенденция к объединению государства, созданию сильной центральной власти. Торговый капитал также добивался устранения феодальных перегородок внутри страны. Полководец Ода Нобунага (1534—1582 гг.) – выходец из среды мелких феодалов – предпринял походы для объединения всей страны. В завоёванных районах он уничтожал внутренние заставы, местные налоги, местные суды, проводил дороги, ввёл строжайшие наказания за разбой на больших дорогах. Эти меры должны были освободить внутреннюю торговлю от некоторых условий, препятствовавших её развитию. Нобунага был убит и не успел закончить объединение. Оно было завершено Тоётоми Хидэёси (1536—1598 гг.), ставшим диктатором страны. Тоётоми Хидэёси провёл ряд реформ, направленных на укрепление феодального строя. В 1588 г. был издан указ об изъятии оружия у крестьян, была осуществлена перепись земельных владений, крестьянам было запрещено уходить с земли. С именем Тоётоми Хидэёси связана крупная внешняя военно-политическая авантюра, организованная феодалами, жаждавшими колониальных захватов, поддержанными купечеством, обогащавшимся на внешней торговле. Хидэёси предпринял в 1592 г. завоевательный поход за пределы страны. В его программу входило завоевание Кореи, континентального Китая, острова Тайвань и Филиппин. Японские войска заняли почти всю Корею. Сопротивление, оказанное корейским народом, выступление Китая, пославшего на помощь Корее свою армию, ряд поражений, понесённых японцами на море от корейского флота и на суше от китайских войск, заставили японцев покинуть Корею (1598 г.). Корейская экспедиция Хидэёси является одним из звеньев цепи событий всемирной истории 15—16 вв., характеризовавшейся вступлением ряда государств на путь колониальных захватов. Экспедиция Хидэёси явилась продолжением и завершением предшествующих действий японских корсаров и торговцев в районе Тихого океана. Неудача попытки вступить на путь колониальных захватов была обусловлена тем, что японские феодалы столкнулись с одной из сильнейших держав того времени – Минской империей в Китае. Неудача Экспедиции Хидэёси имела поэтому особые последствия для страны: японские феодалы вынуждены были принять меры для ограждения собственной безопасности. Главными из них были: изгнание португальцев и испанцев, решительное выкорчёвывание всех корней их влияния в самой Японии и прекращение не контролируемых правительством связей с внешним миром с максимальным ограничением этих связей вообще. Эти меры проводились последовательно (указы 1633 и 1636 гг.), но окончательно страна была закрыта для внешних сношений в 1639 г., при Иэмицу – третьем сёгуне из дома Токугава, захватившего (в лице своего основателя Иэясу) после смерти Хидэёси в свои руки власть в стране после победы над соперниками из феодальных князей в битве при Сэкигахара (1600 г.) Последним и самым важным толчком к этому закрытию послужило мощное восстание в самой Японии, разразившееся в 1637 г. в Симабара и Амакуса на Кюсю – районах наибольшего португальского и испанского влияния, центре пропаганды католичества и насаждения европейских знаний.