Шекспир-Бэконовский вопрос прошел два фазиса. До 1889 года бэконианцы ограничивались по преимуществу одними теоретическими домыслами в своем диком походе против Шекспира.
Но с 1889 года для Бэконовского вопроса наступила новая эра: бэконианцы объявили, что открыли шифр, которым Бэкон пользовался при писании своих драм, изданных «под именем Шекспира» и после этого открытия утихшая было полемика против бэконианцев разгорелась снова. Правда на первых порах многие серьезные шекспирологи решили совсем не обращать внимания на новый фазис Бэкономии. В этом смысле высказалось напр. Немецкое Шекспировское Общество в 20-м Jahrbuch'е своем. Но уже в 24-том Jahrbuch'е известный проф. Лео выступил с очень резкой статьей против американца Донелли, изобретателя Бэконовского шифра, изобличая его в обмане. Странно, однако, что среди всех обличительных статей против Донелли в Shakespeare Jahrbucher нет ни одной, в которой обращено было-бы внимание на язык будто бы раскрытого шифра. A между тем, именно филологическая критика наиболее ясно показывает шарлатанство Донелли. Очевидно, что если в драмах, приписываемых Шекспиру, открыли записи Бэкона, то они должны быть написаны на язык Бэконовского времени. Не мог Бэкон, например, пользоваться словами, неизвестными в его время, или же употреблять слова в том смысле, какой они приобрели через долгое время после смерти не только Шекспира, но и его самого. Таково напр. слово «quality». Во времена Шекспира оно обозначало актерскую профессию, и только в конце XVII-го века стало обозначать знатных и имеющих высокое положение в обществе людей – в этом смысле оно употребляется и теперь. A между тем Донелли, приписывая Бэкону грубую брань против актера Шекспира, приводит затем дальнейшие слова философа, утверждающего, что актер Шекспир копил деньги с целью возвыситься «to the ranks of the quality» (до уровня знати). Эта фраза ясно доказывает выдуманность шифра, ибо Бэкон не мог употребить слово quality в смысле аристократизма.